Wraz z pokojem augsburskim to, czego początkowo tylko się obawiano, stało się pewne: ideał jedności chrześcijan został na zawsze utracony. Jednak jeszcze przed pokojem w Augsburgu w protestantyzmie pojawił się podział. Jedna z tych nowych grup pojawiła się w Szwajcarii.
Reformacja Zwingliego
Ulrich Zwingli był księdzem w Zurychu. Rada miejska Zurychu, będąca pod silnym wpływem Zwingliego, zaczęła wprowadzać reformy religijne. Zniesiono relikwie i obrazy. Wszystkie obrazy i dekoracje zostały usunięte z kościołów i zastąpione bielonymi ścianami. Nowe nabożeństwo kościelne składające się z czytania pism świętych, modlitwy i kazań zastąpiło katolicką mszę.
Gdy jego ruch zaczął się rozprzestrzeniać na inne miasta w Szwajcarii, Zwingli szukał sojuszu z Marcinem Lutrem i niemieckimi reformatorami. Zarówno reformatorzy niemieccy, jak i szwajcarscy zdawali sobie sprawę z potrzeby jedności, aby bronić się przed władzami katolickimi, ale nie byli w stanie uzgodnić znaczenia sakramentu komunii.
W październiku 1531 r. wybuchła wojna między protestanckimi i katolickimi państwami w Szwajcarii. Armia Zurychu została rozbita, a Zwingli został znaleziony ranny na polu bitwy. Jego wrogowie zabili go, pocięli jego ciało i spalili kawałki. Przywództwo protestantyzmu w Szwajcarii przeszło teraz na Jana Kalwina.
Kalwin i kalwinizm
Jan Kalwin kształcił się w swojej rodzinnej Francji. Jednak po przejściu na protestantyzm został zmuszony do ucieczki z katolickiej Francji. W 1536 roku opublikował „Institutio religionis christianae” (Nauka religii chrześcijańskiej), podsumowanie myśli protestanckiej. Ta praca natychmiast dała Kalwinowi reputację jednego z nowych przywódców protestantyzmu.
Jeśli chodzi o najważniejsze doktryny, Kalwin był bardzo blisko Lutra. On także wierzył w doktrynę usprawiedliwienia przez samą wiarę, jednak Kalwin położył również duży nacisk na wszechmocną naturę Boga – to, co Kalwin nazwał „mocą, łaską i chwałą Bożą”.
Nacisk Kalwina na wszechmocną naturę Boga doprowadził go do innych pomysłów. Jednym z tych pomysłów była predestynacja. Ten „wieczny dekret”, jak to nazwał Kalwin, oznaczał, że Bóg z góry określił, kto zostanie zbawiony (wybrani), a kto potępiony. Według Kalwina „On raz i na zawsze zdecydował, kogo obierze na zbawienie i kogo skazał na zagładę”.
Wiara w predestynację dała późniejszym kalwinistom mocne przekonanie, że wykonują dzieło Boże na Ziemi. To przekonanie z kolei sprawiło, że byli zdeterminowani, by szerzyć wiarę wśród innych ludzi. Kalwinizm stał się wiarą dynamiczną i aktywistyczną.
W 1536 roku Kalwin rozpoczął prace nad reformą Genewy. Stworzył rząd kościelny, który w służbie kościoła wykorzystywał zarówno duchownych, jak i świeckich. Konsystorz, specjalny organ do egzekwowania dyscypliny moralnej, został powołany jako sąd do nadzorowania życia moralnego i czystości doktrynalnej obywateli Genewy. Konsystorz miał prawo karać ludzi, którzy odstępowali od nauczania Kościoła i zasad moralnych. Obywatele Genewy byli karani za tak różnorodne „przestępstwa”, jak taniec, śpiewanie nieprzyzwoitych piosenek, pijaństwo, przekleństwa i gra w karty.
Sukces Kalwina w Genewie uczynił miasto potężnym ośrodkiem protestantyzmu. Idąc za przykładem Kalwina, misjonarze wyszkoleni w Genewie zostali wysłani do wszystkich części Europy. Kalwinizm zadomowił się we Francji, Holandii, Szkocji i Europie Środkowej i Wschodniej.
W połowie XVI wieku kalwinizm zastąpił luteranizm jako najważniejszą i najbardziej dynamiczną formę protestantyzmu. Genewa Kalwina stała się fortecą reformacji protestanckiej. John Knox, kalwiński reformator Szkocji, nazwał ją „najdoskonalszą szkołą Chrystusa na ziemi”.
Reformacja w Anglii
Angielska reformacja była zakorzeniona w polityce, a nie w religii. Król Henryk VIII chciał rozwieść się ze swoją pierwszą żoną, Katarzyną Aragońską, z którą miał córkę Marię, ale nie miał syna. Ponieważ Henry potrzebował męskiego spadkobiercy, chciał poślubić Annę Boleyn. Zniecierpliwiony niechęcią papieża do unieważnienia jego małżeństwa z Katarzyną, Henryk zwrócił się do angielskich sądów kościelnych.
Jako arcybiskup Canterbury, głowa najwyższego sądu kościelnego w Anglii, Thomas Cranmer orzekł w maju 1533 r., że małżeństwo króla z Katarzyną jest nieważne. Na początku czerwca Anna została koronowana na królową. Trzy miesiące później urodziło się dziecko. Ku wielkiemu rozczarowaniu króla dziecko było dziewczynką. Później królową została Elżbietą I.
W 1534 r. na prośbę Henryka Parlament przystąpił do sfinalizowania zerwania Kościoła katolickiego w Anglii z papieżem w Rzymie. Akt supremacji z 1534 r. ogłosił, że król został „zaakceptowany i uznany jedynym najwyższym zwierzchnikiem [nowego] Kościoła Anglii”. To stanowisko dawało królowi kontrolę nad doktryną religijną, nominacjami duchownych i dyscypliną. Thomas More, chrześcijański humanista i pobożny katolik, sprzeciwił się działaniu króla i został ścięty.
Henryk wykorzystał swoje nowe uprawnienia, aby rozwiązać klasztory i sprzedać ich ziemię i posiadłości bogatym właścicielom ziemskim i kupcom. Król otrzymał wielki zastrzyk do swojego skarbca i grupę zwolenników, którzy teraz mieli udział w nowym zakonie. Jednak w sprawach doktrynalnych Henryk pozostawał blisko nauki katolickiej.
Kiedy Henryk zmarł w 1547 r., jego następcą został Edward VI, chorowity dziewięciolatek, syn jego trzeciej żony. Za panowania Edwarda urzędnicy kościelni, którzy faworyzowali doktryny protestanckie, zaczęli rozwijać Kościół anglikański w kierunku protestanckim. Nowe akty parlamentu dały duchowieństwu prawo do zawarcia małżeństwa i stworzyły nowe nabożeństwo protestanckie. Te gwałtowne zmiany wzbudziły duży sprzeciw. Kiedy w 1553 roku na tron wstąpiła Maria, córka Henryka i Katarzyny Aragońskiej, Anglia była gotowa na reakcję.
Nie było wątpliwości, że Maria była katoliczką, która chciała przywrócić w Anglii katolicyzm. Jednak sposób, w jaki to zrobiła, miał odwrotny skutek. Między innymi spowodowała spalenie ponad trzystu protestantów jako heretyków, dzięki czemu zyskała przydomek „Krwawa Mary”. W wyniku jej polityki Anglia pod koniec panowania Marii była jeszcze bardziej protestancka niż na początku.
Anabaptyści
Reformatorzy, tacy jak Luter, pozwolili państwu odgrywać ważną, jeśli nie dominującą rolę w sprawach kościoła. Jednak niektórzy ludzie bardzo nie lubili dawać takiej władzy państwu. Byli to radykałowie znani jako anabaptyści.
Dla anabaptystów prawdziwy kościół chrześcijański był dobrowolną wspólnotą dorosłych wierzących, którzy przeszli duchowe odrodzenie, a następnie zostali ochrzczeni. Ta wiara w chrzest dorosłych oddzieliła Anabaptystów od z katolików i protestantów, którzy chrzcili niemowlęta.
Anabaptyści wierzyli również w przestrzeganie praktyk i ducha wczesnego chrześcijaństwa. Uważali, że wszyscy wierzący są równi, a przekonanie to opierało się na relacjach wczesnych wspólnot chrześcijańskich w Nowym Testamencie. Każdy kościół anabaptystów wybierał własnego ministra, czyli duchowego przywódcę. Ponieważ wszyscy chrześcijanie byli uważani za kapłanów, każdy członek społeczności mógł być ministrem (chociaż kobiety były często wykluczane).
Wreszcie większość anabaptystów wierzyła w całkowite oddzielenie kościoła od państwa. Rząd nie tylko miał być trzymany z dala od sfery religii, ale nawet nie przypuszczano, że ma on jakąkolwiek władzę polityczną nad prawdziwymi chrześcijanami. Anabaptyści odmówili piastowania urzędów politycznych lub noszenia broni, ponieważ wielu przyjęło dosłownie biblijne przykazanie „Nie zabijaj”.
Ich przekonania polityczne, podobnie jak przekonania religijne, sprawiły, że anabaptyści byli uważani za niebezpiecznych radykałów, którzy zagrażali samej strukturze szesnastowiecznego społeczeństwa. Rzeczywiście, najważniejszą rzeczą, na którą mogli się zgodzić inni protestanci i katolicy, była potrzeba prześladowania anabaptystów.
Kontrreformacja katolicka
W połowie XVI wieku luteranizm zakorzenił się w Niemczech i Skandynawii, a kalwinizm zapanował w Szwajcarii, Francji, Holandii i Europie Wschodniej. W Anglii oderwanie się od Rzymu spowodowało powstanie kościoła narodowego. Sytuacja w Europie nie wyglądała szczególnie dobrze dla Kościoła katolickiego.
Jednak Kościół katolicki również przeszedł rewitalizację w XVI wieku, co umożliwiło mu odzyskanie wielu utraconych wiernych. Tę reformację katolicką wspierały trzy główne filary: jezuici, reforma papiestwa i Sobór Trydencki.
Towarzystwo Jezusowe, znane jako jezuici, zostało założone przez hiszpańskiego szlachcica Ignacego z Loyoli. Loyola zgromadził niewielką grupę wyznawców, którą papież uznał za zakon w 1540 roku. Wszyscy jezuici złożyli specjalną przysięgę absolutnego posłuszeństwa papieżowi, czyniąc ważne narzędzie w polityce papieskiej. Jezuici wykorzystywali edukację do rozpowszechniania swojego przesłania. Misjonarze jezuiccy odnieśli wielki sukces w przywracaniu katolicyzmu do części Niemiec i Europy Wschodniej oraz w rozprzestrzenianiu go na inne części świata.
Reforma papiestwa była kolejnym ważnym czynnikiem w reformacji katolickiej. Udział papieży renesansu w wątpliwych transakcjach finansowych oraz włoskich sprawach politycznych i wojskowych stworzył wiele źródeł korupcji. Potrzeba było wstrząsu reformacji protestanckiej, aby przeprowadzić poważne reformy.
Papież Paweł III dostrzegł potrzebę zmiany i podjął odważny krok w powołaniu Komisji ds. reform w 1537 r., aby określić bolączki Kościoła. Komisja w problemach Kościoła obwiniała skorumpowaną politykę papieży. Paweł III (który uznał jezuitów za nowy zakon) również zapoczątkował Sobór Trydencki, kolejny filar reformacji katolickiej.
W marcu 1545 r. w Trydencie, na granicy Niemiec i Włoch, spotkała się grupa kardynałów, arcybiskupów, biskupów, opatów i teologów.
Ostateczne dekrety Soboru Trydenckiego potwierdziły tradycyjną naukę katolicką w opozycji do wierzeń protestanckich. Do zbawienia uznano, że zarówno wiara, jak i dobre uczynki są niezbędne. Siedem sakramentów, katolicki pogląd na Eucharystię i celibat kleru zostały zachowane. Umocniła się wiara w czyściec i korzystanie z odpustów, chociaż zakazano ich sprzedawania.
Po Soborze Trydenckim Kościół rzymskokatolicki posiadał jasny zbiór doktryn i został zjednoczony pod najwyższym przywództwem papieża. Z odnowionym duchem katolicy wkroczyli w nową fazę, przygotowani do walki o wiarę.