Istnieje wiele kontrowersji i mało konsensusu w kwestii tego, kiedy, gdzie i jak ludzie po raz pierwszy przybyli i zaludnili Amerykę. Przez większą część XX wieku (ok. 1920-80) poglądy Alesia Hrdlicka (1869-1943) (Aleš Hrdlička – czeski antropolog fizyczny i lekarz patolog) z Muzeum Narodowego Stanów Zjednoczonych zdominowały dyscyplinę antropologii fizycznej w obu Amerykach. Hrdlicka i jego zwolennicy utrzymywali, że wszystkie rdzenne ludy obu Ameryk wywodzą się z północnej Azji z rasy mongoloidalnej.
Jego teoria pokrywała się z tak zwaną hipotezą Clovis-First, konsensusem sprzed lat 90 między północnoamerykańskimi archeologami i antropologami, że przodkowie wszystkich ludów, które zamieszkiwały Amerykę przed spotkaniem z Europejczykami w 1492 r., przewędrowały przez most lądowy na Cieśninę Beringa i południe przez niezamarzający korytarz pod koniec ostatniego zlodowacenia, około 10 000 p.n.e. Ci wcześni Paleo-Indianie rozproszyli się następnie po obu Amerykach. Ich bezpośredni potomkowie, kultura Clovis, wykorzystywali charakterystyczną technikę kruszenia litu (odkrytą po raz pierwszy w pobliżu Clovis w Nowym Meksyku w latach 30 XX wieku), która następnie stała się powszechna w Ameryce Północnej. W tej hipotezie Clovis-First po kulturze Clovis następowała kultura Folsom i późniejsze kultury Paleo-Indian.
Liczne stanowiska sprzed Clovis wykopane w latach 90-ch jednoznacznie wskazują na zamieszkiwanie obu Ameryk na długo przed Clovis. Nowe subdyscypliny (w tym paleobotanika, paleoparazytologia, paleoklimatologia, paleoekologia i analiza mitochondrialnego DNA [mtDNA]) oraz nowe technologie datowania (zwłaszcza bardziej wyrafinowane procedury datowania radiowęglowego i optycznie stymulowana luminescencja [OSL]) przesunęły datę zamieszkiwania ludzi w obu Amerykach do co najmniej 16 000 p.n.e. Równolegle do dręczącej historii paleoantropologii w Afryce i Azji, wiarygodne szkoły myślenia dotyczące ludów obu Ameryk są zróżnicowane, wielorakie, sprzeczne i są przedmiotem zaciekłej debaty.
W Ameryce Północnej, pomimo tych sporów, na początku XXI wieku pojawił się konsensus, że południe Stanów Zjednoczonych i region środkowoatlantycki na południe od zlodowacenia Wisconsin były głównymi miejscami zamieszkania ludzi w erze przed Clovisem. Liczne stanowiska poprzedzające kulturę Clovis są starannie wykopywane od lat 80 XX wieku. Należą do nich Meadowcroft Rockshelter w południowo-zachodniej Pensylwanii, projekt kierowany przez Jamesa M. Adovasio z Instytutu Archeologicznego w Mercyhurst, który podał dokładne daty 16 000p.n.e; Cactus Hill w stanie Wirginia, kierowany (w osobnych projektach) przez Josepha McAvoya z Nottaway River Survey i Michaela Johnsona z Archaeological Society of Virginia, którego artefakty również datowano na około 16 000 p.n.e.; Saltville w stanie Wirginia, datowane na 14 000 p.n.e.; oraz Topper w Południowej Karolinie, datowany na co najmniej 16 000 p.n.e.
Innym ważnym projektem z lat 90-ch były wykopaliska na stanowisku Gault w środkowym Teksasie odkryło ponad pół miliona artefaktów Clovis, co rzuciło nowe światło na tę tajemniczą kulturę.
W Ameryce Południowej stanowiska poprzedzające Clovis obejmują projekt Monte Verde w Chile, podjęty przez amerykańskiego archeologa T. D. Dillehay’a w latach 1980-90 XX wieku; projekt Taima Taima w Wenezueli, prowadzony przez kanadyjskich archeologów Alana Bryana i Ruth Gruhn z lat 1970; oraz projekt Pedra Furada w północno-wschodniej Brazylii, kierowany od lat 1980 przez brazylijskiego antropologa Niede Guidona z Fundao Museu do Homem Americano (Fumdham).
Odkrycia Dillehay w Monte Verde pokazują, że ludzie zamieszkiwali najbardziej wysunięte na południe części Ameryki Południowej co najmniej 12 500 lat temu i sugerują, że datuje się na 33 000 lat temu. Odkrycia Guidona i współpracowników z Pedra Furada przesuwają datę zamieszkiwania obu Ameryk jeszcze dalej. Datowanie radiowęglowe próbek z paleniska i innych artefaktów (przy użyciu akceleratorowej spektrometrii masowej [AMS] i procedury zwanej kwasowo-zasadowo-mokrym utlenianiem, a następnie stopniowego spalania [ABOX-SC], opracowanej w 1999 r.) dało daty od 35 000 do 55 000 p.n.e.. Niektóre okazy rzekomo antropogeniczne wykazały wiek powyżej 56 000 p.n.e., co jest maksymalną granicą datowania radiowęglowego. Guidon i jej koledzy stawiają zatem hipotezę, że ludzie zamieszkiwali Pedra Furada i sąsiednie miejsca około 60 000 lat temu, a być może nawet wcześniej. Niewielu uczonych akceptuje te bardzo wczesne daty.
Inne dowody sugerują migracje południowoazjatyckie, afrykańskie i prawdopodobnie europejskie do obu Ameryk w erze przed Clovisem. Wśród najbardziej kontrowersyjnych odkryć jest tak zwany człowiek z Kennewick, wydobyty z rzeki Columbia w stanie Waszyngton i datowany na około 9300 p.n.e., któremu niektórzy przypisywali pochodzenie „kaukazoidalne” lub cechy anatomiczne z nie-rdzennych Indian. Mniej kwestionowany jest szkielet nazwany w Brazylii „Luzią”, datowany na około 10 000 p.n.e. i uważa się, że wykazuje cechy morfologiczne afrykańskie lub południowoazjatyckie. Inne renomowane badania dostarczają dowodów na ścisłe powinowactwo anatomiczne między współczesnymi i prekolumbijskimi Indianami z Półwyspu Kalifornijskiego i populacjami Azji Południowej i Południowego Pacyfiku. Analiza MtDNA również ujawnia złożone opisy dziedzictwa genetycznego różnych prekolumbijskich rdzennych ludów obu Ameryk, sugerując nie tylko północnoazjatyckie, ale także południowoazjatyckie, afrykańskie i europejskie powiązania genetyczne.
Inne anomalie niewyjaśnione przez hipotezę Clovis-First to większa starożytność i względna obfitość prekolumbijskich szczątków i artefaktów w strefach najbardziej oddalonych od mostu lądowego oraz nowsza proweniencja i względny brak takich szczątków w strefach najbliższych. Analizy lingwistyczne sugerują również, że ludzie przybyli do Ameryk w kilku odrębnych migracjach, nie wszystkich z Azji Północnej, najwcześniej datowanych na co najmniej 15 000 p.n.e. Jedna prawdopodobna teoria, że ludzie przybywali falami migracji przez wiele tysiącleci, poczynając od migracji statków wodnych z Azji do wybrzeży Pacyfiku Ameryki Północnej i Południowej między 30 000 a 20 000 p.n.e, nie może zostać potwierdzona, chyba że poprzez podmorskie wykopaliska archeologiczne (które nie istnieją w tej dziedzinie) lub przypadkowe odkrycie.
Najistotniejszymi przeszkodami na drodze do dalszych postępów w tej dziedzinie są konflikty akademickie między zwolennikami różnych szkół oraz bariery językowe i kulturowe między uczonymi z Ameryki Północnej i Południowej. Niektórzy postrzegają również ustawę NAGPRA z 1990 r. o ochronie i repatriacji grobów rdzennych Amerykanów jako znaczącą przeszkodę w badaniach naukowych w Ameryce Północnej, ponieważ wymaga ona odesłania wszystkich prekolumbijskich szczątków i artefaktów do najbliższego kulturowo powiązanego plemienia Indian amerykańskich uznanego przez rząd Stanów Zjednoczonych, wykluczając tym samym badania naukowe, jak miało to miejsce w przypadku Kennewick Mana. Inni wskazują na długą historię rutynowego złego traktowania odkrytych szczątków ludzkich przez antropologów fizycznych i archeologów oraz na duchowy dobrobyt współczesnych społeczności indyjskich które wymagają realizacji programu NAGPRA.