Okres koptyjski obejmuje większość pierwszych sześciu wieków naszej ery. Kopt wywodzi się od greckiego słowa Aegyptus, które z kolei wywodzi się od Hikaptah, czyli Memfis, pierwotnej stolicy Egiptu. Chrześcijaństwo koptyjskie to forma, która pojawiła się w Egipcie w I wieku n.e. Religia szybko się rozwijała w pierwszym półwieczu, a w drugim wieku rozprzestrzeniła się na tereny wiejskie. Pisma zostały przetłumaczone na lokalny język koptyjski.
Szybkie nawrócenie Egipcjan na chrześcijaństwo doprowadziło do prześladowań przez Rzymian tych, którzy zaprzeczali boskości cesarza. Edykt z 202 r. zabraniał nawracania się na chrześcijaństwo. Edykt z 250 r. wymagał od wszystkich obywateli noszenia przez cały czas zaświadczenia, wydawanego przez władze lokalne, stwierdzającego, że jego posiadacz złożył ofiary bogom. Nieprzestrzeganie skutkowało karami, w tym ścięciem, rzuceniem lwom lub spaleniem żywcem. Rząd zamknął Szkołę Katechetyczną w Aleksandrii, zmuszając członków do potajemnych spotkań gdzie indziej. Ograniczono liczbę biskupów do trzech. Era prześladowań zakończyła się za Diolecjana (284-305). Jego wybór na cesarza rozpoczął Koptyjski Anno Martyrum (Erę Męczenników).
Mimo prześladowań kościół rozkwitał. W III wieku ukształtowała się hierarchia kościelna, od patriarchy w Aleksandrii do najwyższego kapłana i mnichów zamieszkujących pustynie wschodnie i zachodnie. Szkoła Katechetyczna zastąpiła bibliotekę i muzeum Aleksandrii, które były znane na całym świecie jeszcze przed chrześcijaństwem. Znajdująca się w Szkole Aleksandryjskiej biblioteka zawierała miliony zwojów papirusu, całą wiedzę starożytnego świata. Ptolemeusz Soter założył bibliotekę w 323 r. p.n.e. Szkoła była miejscem, w którym 70 żydowskich uczonych stworzyło Septuagintę, tłumacząc Stary Testament z hebrajskiego na grecki w 270 r. p.n.e. Ci sami uczeni ustalili kolejność ksiąg w Starym Testamencie, łącznie z apokryfami. Początkowo jako instytucja naukowa i literacka, biblioteka przekształciła się w uniwersytet filozofii i teologii.
Szkoła katechetyczna Aleksandrii była najwcześniejszą główną chrześcijańską szkołą teologiczną. Pierwszy dziekan tej uczelni Pantenus (zm. 190 n.e.) kierował szkołą, w której wykładali Atenagoras, Klemens, Didymus i Origen. Pantenos został zastąpiony przez Klementa z Aleksandrii, znanego z pracy w nawracaniu wykształconych Greków na chrześcijaństwo. Orygenes (ok. 215) był filozofem i biblistą, który napisał ponad 6000 komentarzy do ksiąg Starego i Nowego Testamentu, a także homilii, które są najstarszym znanym nauczaniem chrześcijańskim. Jest znany jako ojciec teologii. Po Orygenesie był Dionizjusz (Wielki) Aleksandryjski, który został patriarchą kościoła (246-264). Didymus Ślepy stracił wzrok w wieku czterech lat, ale opanował gramatykę, retorykę, filozofię, muzykę, poezję, matematykę i zapamiętał testamenty. Jego uczniami byli Grzegorz Nazjanz, Jerome, Palladius i historyk Rufinus. Didymus opracował system rytego pisma, 1500 lat przed stworzeniem alfabetu Braille’a. Uczeni ci uczynili Szkołę Katechetyczną centrum nauki chrześcijańskiej i magnesem dla uczonych z całego świata. Szkoła katechetyczna była kolebką metody komentowania opartej na pytaniach i odpowiedziach.
Znosząc prześladowania Dioklecjana, Kościół koptyjski musiał uporać się z herezją ariańską, która zaprzeczała boskości Jezusa, ponieważ człowiek miał początek, a Bóg jest wieczny. Chociaż Ariusz został ekskomunikowany, nadal głosił i nawrócił dwóch Biskupi Libii. Arianizm rozprzestrzenił się w Egipcie, Libii, Palestynie i Azji Mniejszej, zanim w końcu zwrócił na siebie uwagę Konstantyna Wielkiego. Zwolennicy Ariusza i Konstantyna walczyli w Aleksandrii i Nikomedii, co doprowadziło cesarza do wezwania około 1800 biskupów do Nicei w celu rozstrzygnięcia sporu.
Sobór nicejski (325), pierwszy sobór kościelny usankcjonowany przez cesarza, obejmował tylko sześciu biskupów zachodnich, ponieważ herezja nie dotarła do Europy. Uczestniczyło w nim ponad 300 biskupów ze Wschodu, reprezentujących wszystkie tradycje chrześcijańskie. W Nicei Arius intonował swoje wierzenia, wspierany przez zespoły taneczne i śpiewaków. Atanazy, reprezentujący patriarchę koptyjskiego, przedstawił logiczny argument w opozycji. Uczestnicy debatowali przed wezwaniem do wyznania wiary, które napisał Atanazy i jednogłośnie przyjął Sobór Konstantynopolitański (381).
Koptowie i inne Orientalne Kościoły Prawosławne zaprzeczają, że są Monofizytami, ponieważ Monofizytyzm jest herezją. Koptowie wierzą, że Chrystus jest zarówno ludzki, jak i boski, zjednoczony niepodzielnie przez Słowo i doskonały pod każdym względem.
W tym czasie było dwóch patriarchów, prawosławny papież i patriarcha Aleksandrii oraz koptyjski papież i patriarcha Aleksandrii. Egipska religia koptyjska dała początek chrześcijańskiemu ruchowi monastycznemu. Zakonnicy wierzą w nieustanną modlitwę, intensywną medytację, samodyscyplinę poprzez posty, czuwania, celibat, ubóstwo oraz wyrzeczenie się ciała i świata. Monastycyzm pojawił się już w drugiej połowie III wieku, rozprzestrzeniając się po całym świecie chrześcijańskim. Monastycyzm szerzył się nawet po tym, jak Edykt Mediolański (313) zakończył rzymskie prześladowania chrześcijan.
Monastycyzm koptyjski ma trzy poziomy. Po pierwsze, monastycyzm antoniański pociąga za sobą życie w odosobnieniu, surowości i ascezie. Św. Antoni jest przykładem tego podejścia. Kiedy pustelnik osiąga wyższy poziom świętości, na drugim etapie przyciąga wielu uczniów, a bezpieczeństwo staje się problemem. Osiedla powstawały na wschodnich i zachodnich pustyniach, a wspólne życie stało się normą dla mnichów, którzy spędzali tydzień samotnie w swoich celach lub jaskiniach i spotykali się w soboty i niedziele na modlitwie, nauczaniu i nabożeństwie. Cenobitizm, czyli koinonia pachomiańska, był trzecim etapem monastycyzmu. Forma ta, założona przez byłego żołnierza Pachomiusa, obejmowała ścisłą dyscyplinę wojskową, regulującą każdą godzinę każdego dnia i nakładającą kary za zwłokę.
Pod koniec IV wieku na egipskich pustyniach mieszkało od 100 000 do 200 000 mnichów. Całkowita populacja Egiptu wynosiła około 7,5 miliona. Monastycyzm przyciągał Greków, Rzymian, Nubijczyków, Libijczyków, Etiopczyków, Kapadoków i innych. Każdy klasztor posiadał sekcję dla każdej narodowości i zapewniał współobywatelowi przewodnika mnichów. Wybitni chrześcijanie, którzy udali się na pustynie, to Jan Chryzostom, biskup Konstantynopola; włoski Hieronim i Rufinus; ojciec kapadocki Bazyli Wielki, który zorganizował ruch monastyczny w Azji Mniejszej; francuski święty Jana Kasjan i Benedykt, który podążał za modelem Pachomian w VI wieku, ale zaostrzył go.
Chrześcijaństwo koptyjskie poświęcone było pracy misyjnej od czasów św. Marka. Na wygnaniu, w armiach Rzymu, jako podróżnicy, Koptowie mówili i żyli swoją wiarą, przyciągając nawróconych, a także prześladowania. Misjonarze koptyjscy przebywali na Wyspach Brytyjskich na długo przed przybyciem Augustyna z Canterbury w 597 roku. Niektórzy przypisują Koptom sprowadzenie chrześcijaństwa do Irlandczyków (irlandzkie chrześcijaństwo było wielkim agentem cywilizacyjnym w średniowieczu).
Misjonarze koptyjscy głosili w Afryce, Arabii, Persji, Indiach i Europie. Nubia została chrześcijanizowana w 559 roku. Koptyjscy chrześcijanie Frumentius i Aedesius nawrócili Etiopię. Aleksandria w IV wieku była największym miastem chrześcijańskim na świecie.
Ci, którzy przybyli na studia do Aleksandrii, powrócili do swoich ziem pełnych wiedzy koptyjskiej i chęci jej rozpowszechniania poprzez pisanie, zakładanie klasztorów i szkół oraz w inny sposób nawracanie. Według patriarchów melchickich, którzy służyli zarówno jako cywilni, jak i religijni władcy Wschodniego Cesarstwa Rzymskiego, egipscy Koptowie byli heretykami, ponieważ odrzucali zgodę Chalcedonu.
Pomimo masakr, tortur i prześladowań zarówno ze strony władz religijnych, jak i cywilnych, Koptowie przetrwali prześladowania kościoła państwowego. Ostatecznie w 642 Arabowie podbili Egipt. Pod panowaniem arabskim stolica Egiptu została przeniesiona do Kairu, a Aleksandria wraz z biblioteką i muzeum została spalona.
Chrześcijanie koptyjscy nadal praktykowali swoją religię, ale pod ścisłymi restrykcjami prawa islamskiego (szariatu). Okresowe prześladowania, zwłaszcza w X i XI wieku, oraz krucjaty europejskie przyspieszyły stopniowy proces nawracania na islam, a pod koniec XII wieku Egipt był w większości muzułmański. Muzułmańskie restrykcje wobec Koptów złagodniały w XIX wieku, a w XX wieku religia koptyjska liczyła 40 milionów wyznawców na całym świecie.