Nestorius był biskupem związany z Kościołem Asyryjskim, założonym na terenie perskiego imperium Sassanidów. Nestorius został nazwany heretykiem, ale najprawdopodobniej jego teologiczni rywale źle go zrozumieli; ponadto, czasem uważa się go za ojca Kościoła asyryjskiego (kościoła nestoriańskiego), ale jego własne stanowisko teologiczne często znacznie różni się od kościoła nestoriańskiego. Nestorius dorastał w Antiochii i wyróżniał się postem, modlitwą i kaznodziejstwem. Jego pobożna reputacja sprawiła, że został mianowany biskupem Konstantynopola (428 n.e.), stolicy Bizancjum i centrum Kościoła greckiego.
Jeden z ambitnych teologów z rywalizującego miasta Aleksandrii, Cyryl z Aleksandrii, skrytykował Nestoriusa za rzekomą herezję dotyczącą natury Jezusa (Chrystusa) z Nazaretu. Twierdził, że Nestorius nauczał, iż Jezus Chrystus był zjednoczeniem dwóch osób, jednej, która cierpiała i umarła, a drugiej, która była boska i wieczna. Jednakże Nestorius nie nauczał, że w Chrystusie były dwie osoby, ale że miał dwie natury w jednej osobie. To stanowisko zostało uzasadnione na soborze Chalcedońskim, chociaż sobór podkreślił jedność boskiej i ludzkiej natury w osobie Jezusa. Było to jednak zbyt późno i zbyt mało zauważone przez Kościół grecki i Kościół Łaciński, ponieważ piętno herezji już odcisnęło się na imieniu Nestoriusza. Został pozbawiony urzędu, jego dzieła literackie zostały spalone, a następnie został zesłany na wygnanie. Spędził 10 lat w rejonie Nabatejczyków w jordańskiej pustyni, a następnie 10 lat w Wielkiej Oazie na pustyni libijskiej, zanim zmarł w 451 roku.
Popularne kojarzenie Nestoriusza z Kościołem Asyryjskim wynika z migracji wielu jego zwolenników z Antiochii do Edessy, centrum intelektualnym całego Kościoła syryjskiego. Tam znaleźli sympatię wśród chrześcijan, którzy nie byli związani z Kościołami greckim lub łacińskim. Ostatecznie, naciski zaczęły działać na intelektualistów Edessy, więc odstępcy przenieśli się do perskiego terytorium, do miasta Nisibis, gdzie założyli swoją własną szkołę teologii. Stamtąd rozproszyli się do innych części imperium perskiego Sasanidów. Do VI wieku Kościół Asyryjski stał się „nestoriański”, ponieważ zwolennicy Nestoriusza byli przyjmowani na wysokie stanowiska kościelne i edukacyjne. Ich szkoła w Nisibis była wysoko ceniona przez perskich chrześcijan. Kościół Asyryjski zerwał już wtedy więzi z Kościołami greckim i łacińskim i mało interesował się niuansami kontrowersji. Jako uchodźcy z Bizancjum, nie byli podejrzewani o podstępy lub nielojalność.
Tak więc Kościół Asyryjski włączył zwolenników Nestoriusza i innych chrześcijan syryjskich do swojego grona i przyjął nazwę swojego lidera. Ironią historii jest to, że nigdy oficjalnie nie przyjął stanowiska Nestoriusza w sprawie natury Chrystusa, ani nie zaakceptował rzekomej herezji, za którą został wygnany wiele pokoleń wcześniej. Kościół Asyryjski zawsze był na obrzeżach perskiego społeczeństwa, bez względu na to, czy społeczeństwo było zaratusztriańskie czy muzułmańskie. Ten zredukowany i elastyczny status może wyjaśniać, dlaczego religia asyryjska tak łatwo penetrowała inne grupy ludzi i granice polityczne. Zakres ich misji jest godny uwagi dla tak małej grupy wyznawców: ich społeczności rozprzestrzeniły się w ciągu 300 lat na Indie, Sogdianę, Turkiestan, Mandżurię, Syberię i Chiny.