Kwestia herezji w Kościele katolickim zagroziła jedności chrześcijaństwa właśnie w czasie, gdy papież wzywał do totalnej wojny o odzyskanie Ziemi Świętej od muzułmanów. Papież Innocenty III wymyślił plan unicestwienia herezji albigensów na południu Francji. (Albigensi, lub katarzy (gr. czysty) – heretycki chrześcijański ruch dualistyczny). Papież wezwał krucjatę. Początkowo plan wydawał się genialny: papież udzieli walczącym duchowych korzyści z krucjaty, ale czas służby byłby krótki (40 dni) i bliski domu w porównaniu z wcześniejszymi wojnami w Ziemi Świętej. Jego ostatecznym celem było zjednoczenie Europy pod władzą papieską, aby mógł skierować jej zasoby do Cesarstwa Bizantyjskiego, muzułmańskiej Hiszpanii i, co najważniejsze, do Ziemi Świętej. Jednak zwroty akcji w polityce krucjaty albigensów (1208-29) ostatecznie wyssały zasoby z wojen za granicą i wzmocniły siły antyrzymskie we Francji. W następnych stuleciach błąd krucjaty albigensów był widoczny w schizmie w Awinionie, gdzie francuski papież sprzeciwił się rzymskiemu papieżowi.
Innocenty początkowo wspierał dzieło głoszenia i przekonywania, aby odzyskać albigensów, luźną sieć sekciarzy i heretyków z południowej Francji. Różnorodni badacze kościelni, od Bernarda z Clairvaux po papieża, chętnie przyznawali, że duchowieństwo katolickie obsługujące albigensów pilnie potrzebuje reformy. Ale kiedy pokojowe środki nie przyniosły dostatecznych postępów, Innocent stracił cierpliwość i zaczął wojnę. Jego decyzja zapadła w 1208 r., kiedy delegat papieski został zamordowany w Tuluzie. Innocenty pociągnął hrabiego Raymonda z Tuluzy do odpowiedzialności zarówno za śmierć delegata, jak i za ochronę heretyków w południowej Francji i wezwał resztę Francji do chwycenia za broń. Odpowiedziało około 20 000 rycerzy i 200 000 piechurów. Ich przywódcą był weteran krzyżowców Simon de Montfort. Raymond nie tracił czasu na zawarcie pokoju z siłami papieskimi. Opór był zbyt zakorzeniony, a Szymon mógł liczyć na wojska francuskie tylko przez 40 dni. Poza tym Simon był outsiderem i wyjątkowo niepopularnym ze względu na swoją brutalność na wojnie.
W 1213 roku Innocenty zobaczył szaleństwo krucjaty i odwołał ją. Król Aragonii, wojownik znany z umiejętności bojowych przeciwko muzułmanom w Hiszpanii, podjął sprawę Raymonda. W efekcie konflikt albigensów stał się przeciąganiem liny między Hiszpanią a Francją. Chociaż papież wspierał teraz Raymonda, francuska szlachta poparła Simona. W późniejszej bitwie politycznej zwołano kolejną krucjatę. Chociaż nominalnie było to przeciwko herezji, tak naprawdę było przeciwko Raymondowi i jego hiszpańskim sojusznikom. Na polu bitwy siły wspierane przez Francuzów pokonały siły wspierane przez Hiszpanów. Szokująca brutalność Simona doprowadziła do jego ekskomuniki przez Innocentego. Zginął w bitwie w Tuluzie w 1218 r. Raymond zmarł w 1222 r. Albigensi czynili opor, co doprowadziło wielu katolickich i francuskich urzędników do myśli o kolejnej krucjacie. Syn Raymonda był jednak w stanie wynegocjować traktat z Meaux (1229), przekazując terytorium Francji Kapetyńskiej i instytucjonalizując wszędzie wpływy katolickie. W międzyczasie Kościół znalazł nową broń do walki z utajoną herezją: inkwizycję.