Zachowało się niewiele współczesnych materiałów pisanych na temat tradycji religijnych w starożytnej Afryce, z wyjątkiem inskrypcji starożytnych Egipcjan na temat ich wierzeń oraz relacji Herodota, kiedy opisywał religie i folklor Afryki Północnej.
W wierzeniach egipskich monarchowie byli potomkami bóstw i ich przedstawicieli na ziemi. Wielu egipskich bogów ma różne formy, z których niektórzy, jak Horus i Izyda, są dobrze znani, a zmiany pogody, klimatu i dobrobytu kraju odzwierciedlają względną moc poszczególnych walczących bóstw. Na krótko podczas XVIII dynastii faraon Amenhotep IV (Echnaton – XIV wiek p.n.e.) próbował ustanowić monoteizm poprzez kult boga słońca Atona.
Po założeniu nowej stolicy w Tel el Amarna, faraon zmarł w tajemniczych okolicznościach, a stara religia została przywrócona i kontynuowana aż do przejęcia Egiptu przez Ptolemeuszy w IV wieku p.n.e., kiedy to pojawili się greccy, a później rzymscy bogowie, kiedy Egipt stał się częścią Cesarstwa Rzymskiego. Chociaż koncepcje te powstały w Egipcie, podobne pomysły, prawie na pewno wywodzą z Egiptu, można ich znaleźć w Nubii i innych krajach. W Meroe w dzisiejszym Sudanie istnieją dowody na kult bogów podobnych do Egipcjan. Wydaje się również prawdopodobne, że podobne idee kwitły przez wiele stuleci w Kush i Axum, we współczesnej Etiopii. Pod wpływem południowej Arabii wprowadzane zostały przez te miasta do Afryki niektóre bóstwa.
W Kartaginie wiele wierzeń podążało za poglądami Fenicjan. Mówiono również, że bóstwo Molocha zaspokajają jedynie ofiary z ludzi, a niektórzy historycy sugerowali, że jeden z braci Hannibala został złożony w ofierze, jako dziecko, Molochowi. Współcześni historycy sugerują, że Rzymianie przesadzili z krwiożerczym charakterem kultu kartagińskiego bóstwa Molocha, aby lepiej uzasadnić swoją wojnę z Kartaginą oraz że duża liczba ciał niemowląt znalezionych przez archeologów na cmentarzu w pobliżu Kartaginy mogła być raczej spowodowana chorobą, niż masowe składanie ofiar z małych dzieci. Królestwa Numidii i Mauretanii na zachód od Kartaginy znajdowały się częściowo pod wpływem idei Kartaginy, ale później zaczęły przyjmować rzymskie praktyki religijne, stając się częścią Cesarstwa Rzymskiego.
Wiele można się domyślić na temat praktyk religijnych w Afryce Subsaharyjskiej w tym okresie z posągów znalezionych w miejscach takich jak Nok, we współczesnej północnej Nigerii. Ich rzeźbione kamienne posągi bóstw które przetrwały, wskazują na możliwe podobieństwa do niektórych śródziemnomorskich koncepcji Matki Ziemi. Wydaje się jednak bardziej prawdopodobne, że kult przodków był najważniejszym elementem tradycyjnej religii afrykańskiej, podobnie jak niewątpliwie w wielu innych wczesnych społeczeństwach.
Ludzkie figurki, podobnie jak setki wyrzeźbionych ze steatytu ludzi z Esie w południowo-zachodniej Nigerii i mosiężne głowy z Ife, są uważane za przodków, wodzów lub innych rzeczywistych ludzi. W Djenné-Djenno i innych pobliskich miejscach kości krewnych były czasami chowane w domach lub budynkach grobowych. Gdy islam wkroczył na ten obszar, radykalnie zmieniło to przekonania religijne na tym obszarze.
Islam doprowadził do budowy wielu meczetów, z cmentarzami znajdującymi się na terenie tych meczetów lub na obrzeżach miast. Były czczone groby świętych mężów, miejsca pielgrzymek i kultu. W niektórych miejscach islam dostosował się do niektórych lokalnych zwyczajów, ale w innych obszarach, takich jak Afryka Saharyjska, całkowicie zmienił charakter tradycji religijnej. W niektórych częściach Afryki Zachodniej doszło do zderzenia między podstawowymi koncepcjami islamu a zwyczajami plemiennymi, ale w większości obszarów kult przodków został zastąpiony szacunkiem dla przodków.