Powstanie afrykańskich miast-państw rozpoczęło się w Afryce Północnej wraz ze starożytnym Egiptem, a następnie powstało imperium Kartaginy. Obie cywilizacje są dobrze udokumentowane w sprawozdaniach pisemnych, podobnie jak inne północnoafrykańskie królestwa Numidii i Mauretania. Jednak poza zachowanymi relacjami z drugiej ręki od pierwszych podróżników z Egiptu lub Kartaginy, wiedza o miastach-państwach w pozostałej części Afryki opiera się całkowicie na dowodach archeologicznych. Kartagina rządziła obszarami wokół swojej stolicy poprzez bezpośrednie rządy, a resztą ich obszarów, takich jak Numidia rządzili królowie-klienci. Numidianie popierali Rzymian w bitwie pod Zamą w 202 roku p.n.e., ujrzeli klęskę Kartagińczyków, co doprowadziło do zniszczenia samej Kartaginy w 146 roku p.n.e. Numidia miała krótki okres niepodległości, zanim również znalazła się pod kontrolą rzymską.
Uważa się, że najbardziej znane afrykańskie państwa-miasta poza Afryką Północną powstały we współczesnym Sudanie i Etiopii, z wieloma osadami w pobliżu zbiegu Nilów Błękitnego i Białego, starożytne megality znaleziono w południowej Etiopii. Stopniowo wyłoniły się dwa miasta-państwa, Meroe (900 p.n.e.-400 n.e.) i Axum (100-1000 n.e.), oba przekształciły się z potężnych miast w znaczące królestwa kontrolujące wielkie obszary, w dużym stopniu polegające na wczesnym wykorzystaniu żelaza.
Użycie brązu i żelaza na wojnie jest również wyraźnie widoczne w lokalizacji niektórych z tych osad. W Sudanie znaleziono pozostałości wielu starożytnych wiosek i małych miasteczek, które pokazują, że ochrona przed atakiem była znacznie ważniejsza niż dostęp do żyznych gruntów ornych.
Innym obszarem, w którym w starożytności pojawiły się miasta-państwa, była Afryka Subsaharyjska w Zachodniej Afryce. Odkrycie dużej liczby obiektów i artefaktów w Nok we współczesnej Nigerii, która rozkwitła od 500 roku p.n.e., wykazało istnienie bogatego miasta handlowego na płaskowyżu Jos. Wydaje się prawdopodobne, że w regionie istniałyby inne osady i małe miasta-państwa, a ludzie z tego obszaru zaczęli migrować wzdłuż zachodniego wybrzeża współczesnego Gabonu, Konga i Angoli, a także w głąb lądu do Jeziora Wiktorii. Głównym afrykańskim miastem-państwem wyłaniającym się pod koniec tego okresu było Wielkie Zimbabwe. Jego kamienne budowle, które niewątpliwie zastąpiły wcześniejsze drewniane, świadczą o tym, jak rozwinęło się tamtejsze społeczeństwo do XI wieku n.e.