Po kłopotach pierwszego okresu przejściowego Egipt, który po nim rozpadł, został ponownie zjednoczony od południa. Tak rozpoczął się okres Średniego Państwa. Polityczne centrum kraju tym razem ulokowało się na południu, najpierw w mieście Germont (XI dynastia faraonów), a następnie w Tebach (XII dynastia). Wraz z tym na pierwszy plan wysunęli się mało znaczące wcześniej bogowie z południowych miast – najpierw z Montu z Hermopolis, potem tebański Amon. (Zobacz artykuł Bogowie starożytnego Egiptu).
Założyciel XII (tebańskiej) dynastii, Amenemhat I (1991 – 1962 p.n.e.) nosił już imię wywodzące się od Amona. Amenemhat w tłumaczeniu oznacza „Amon na czele”. Niewątpliwie ród Amenemhata I był szczególnie oddany kultowi Amona, który z kolei wiele temu rodowi zawdzięcza: bez jego energicznego wsparcia Amon nie mógłby tak szybko zastąpić miejscowego boga Montu.
Polityka religijna królów XII dynastii uczyniła kult Amona narodowym. Największymi świątyniami Amona w Tebach były Karnak i Luksor.
Kwestia czy kult Amona wywodzi się z samych Teb, czy też został zapożyczony z innego nomu, jest przedmiotem zaciekłych sporów naukowych. Egiptolodzy Lefebur, Erman, Max Müller, Gauthier wierzyli, że Amon był tebańską wersją boga Min, czczonego w mieście Koptos. K. Zete w specjalnej monografii starał się udowodnić, że kult Amona został „sprowadzony” do Teb z Hermopolis. Ten punkt widzenia bardzo umiejętnie obalił angielski egiptolog Wainwright, który uważał, że włączenie Amona do głównej ósemki z Hermopolis było wynikiem teologicznych spekulacji kapłanów i że Amona „sprowadzono” nie z Hermopolis do Teb, ale przeciwnie, z Teb do Hermopolis. Wainwright pokazał, że Amon, podobnie jak jego koptyjski pierwowzór, bóg Min, jest bogiem nieba i piorunów.
Amon bardzo wcześnie został porównywany z Heliopolitańskim Ra, najwyższym bogiem i demiurgiem (twórcą świata). Dzięki temu porównaniu Amon również zaczął zmieniać się w najwyższe kosmiczne bóstwo. Odnaleziona kamienna figurka faraona VI dynastii Pepi I z wyrytym na odwrocie epitetem: „ukochany przez Amona-Ra, pana Teb”, świadczy o tym, że kult tebańskiego Amona-Ra istniał już pod koniec epoki Starego Państwa XV w. p.n.e.
Papirus z Lejdy nr 1350 z XIX dynastii (XIII p.n.e.) zawiera hymn do Amona, który odzwierciedla niektóre momenty teogonii i kosmogonii tebańskiej. Jest tu powiedziane, że Amon nie został stworzony przez nikogo, stworzył siebie, po nim pojawili się inni bogowie.
A w innym tekście, datowanym mniej więcej w tym samym czasie, czytamy o Amonie: „Tyś jedyny stworzył wszystko, tylko ty stworzyłeś żyjących, z którego oczu wyłonił się człowiek, z którego ust wyszli bogowie”. O Tebach w papirusie z Lejdy mówi się, że to właśnie tutaj, pośrodku odwiecznego bezmiaru wód, pojawiło się po raz pierwszy wzgórze z gruntów nadających się pod uprawę. W Karnaku, przy wejściu do słynnej „sali hipostylowej”, widnieje inskrypcja hieroglificzna, mówiąca, że Karnak jest początkowym mikrokosmosem i podstawą makrokosmosu.
Tak więc Amon jest stwórcą bogów i całego świata, a Teby są początkiem świata.
Amon był uważany za wszechobecne bóstwo powietrza i wiatru, wypełniające cały widzialny świat, dające tchnienie życia wszystkim żywym istotom. Pojęcie to rozwinęło się z jego pierwotnego kultu nieba i bóstwa piorunów. Samo imię „Amon” oznacza „ukryty”, „niewidzialny” (jak powietrze i wiatr). W wielu tekstach egipskich Amon jest nazywany „wielką duszą”, „ukrytą duszą”, „wielką żywą duszą, która jest ponad wszystkimi bogami”. Idea Amona jako życiodajnego ducha miała wielki wpływ na chrześcijaństwo i islam.
Rozprzestrzenianie się kultu Amona, jak już zaznaczono, wiązało się najpierw z powstaniem XII dynastii, a następnie, po II Okresie Przejściowym, okresem rozbicia Egiptu i zdobycia jego północnej części przez Hyksosów, XVIII dynastia, która wypędziła Hyksosów i stworzyła imperium egipskie. Zwycięstwa militarne były postrzegane jako dar tebańskiego boga dla zwycięskich faraonów. Najlepiej mówi o tym tekst zapisany w XV wieku p.n.e. na wspaniałej steli, która stała w Karnaku i jest obecnie przechowywana w Muzeum Kairskim. Zawiera przemówienie samego boga Amona skierowane do jego syna, zwycięskiego faraona Totmesa III:
„Mówi Amon-Ra, pan Karnaku… Daję ci moc i zwycięstwa nad wszystkimi obcymi krajami… Powalam twoich wrogów pod twoje sandały… Daję ci ziemię na całej jej długości i szerokości, mieszkańców zachodu i wschodu pod twoimi rządami… Jestem twoim przewodnikiem, więc ich dogonisz…” i tak dalej.
Amon-Ra jest więc nie tylko demiurgiem, stwórcą bogów i ludzi, ale także twórcą imperium egipskiego, dającego zwycięstwa i podboje egipskiemu faraonowi i jego armii.
Motywy zwycięskiej wojny w imieniu i na chwałę Amona-Ra można przeczytać w wielu różnych tekstach. Słynny „Poemat Pentaury” opisuje waleczność wojskową Ramzesa II w walce z Hetytami (bitwa pod Kadesz). Faraon jest otoczony przez niezliczonych wrogów, grozi mu śmierć. I tak zwraca się z modlitwą do swojego boskiego ojca, Amona-Ra: „Czy to konieczne, aby ojciec zaniedbywał syna? Czy zrobiłem coś ważnego bez ciebie? Nie sprzeciwiłem się żadnemu z twoich rozkazów. O, jak wielki jest władca Egiptu, który pozwala zbliżać się do siebie cudzoziemcom… Po zakończeniu modlitwy Ramzes II widzi obok siebie samego Amona-Ra. „Jestem z tobą, jestem twoim ojcem, moja ręka jest z tobą, jestem [sam] bardziej użyteczny niż setki tysięcy ludzi. Jestem panem zwycięstw, miłośnikiem męstwa” – mówi. Idą za tym słowa Ramzesa II – porównuje się on do boga Montu (król nie śmie porównywać się z „ojcem” Amonem).
W czasach Ramzesa II w armii starożytnego Egiptu istniały cztery rodzaje wojsk, noszące imiona czterech wielkich bóstw: Amona, Ra, Ptaha i Seta.
Kult Amona stał się nie tylko państwowy, ale także bardzo popularny. Znaleziono wiele próśb i modlitw zwykłych ludzi skierowanych do Amona. Brzmią nuty cierpienia, błagania o pomoc, apel do miłosiernego i sprawiedliwego „króla wszystkich bogów”. Teksty te przypominają psalmy biblijne. Próbki modlitw skierowanych do Amona znajdują się nawet w zeszytach szkolnych. Amon występuje tutaj jako obrońca uciśnionych i pokrzywdzonych.
Jeśli podsumować wszystko, co zostało powiedziane o Amonie (bogu, który stworzył siebie, wszystkich bogów, ludzi, wszystko, co istnieje i samą ziemię, począwszy od Teb; ojca faraona, patrona i opiekuna jego armii, który podporządkował ziemie cudzoziemców Egiptowi), staje się jasne, że to niemal uniwersalne bóstwo.
W Tebach było kilka dużych sanktuariów Amona. Byli w innych miastach Egiptu. W Tebach czcili kilka hipostaz Amona: na przykład Amona z Luksoru (Amanapet), w Karnaku – Amona Wielkiego. Papirus British Museum nr 10335 wymienia trzy różne tebańskie wcielenia Amona. Można to porównać z różnymi obrazami Matki Boskiej (Częstochowska, Kalwaryjska) .
Amon przedstawiany był jako bóg antropomorficzny, malowany najczęściej na niebiesko (kolor nieba), a dopiero w swoim wcieleniu z Luksoru (Amanapet) pojawił się, jako bóg ityfalliczny (z podkreślonymi męskimi cechami płciowymi).
Świętymi zwierzętami Amona były gęś i baran.
Przez wieki Amon (lub Amon-Ra) był głównym bogiem Egiptu, stojącym ponad wszystkimi innymi bogami. Znaczna część łupów zdobytych w zwycięskich wojnach i kampaniach była przynoszona jako dar dla tego boga, czyli przechodziła na własność świątyń. Wielkość i znaczenie Amona opierały się na potędze politycznej Teb. Kiedy skończyła się hegemonia Teb w Egipcie, a kraj ponownie się rozpadł w XI wieku p.n.e., na południu, w Tebach, władzę zaczęli sprawować arcykapłani Amona, a w Dolnym (północnym) Egipcie faraonowie XXI w. dynastii, której rezydencją był Tanis.
Bóstwa najbliższe Amonowi były uważane za członków „triady tebańskiej”: żona Amona – bogini Mut i syn – bóg księżyca Chonsu.
Mut była boginią jeziora Asher, na południe od Karnaku. Zwykle przedstawiano ją jako kobietę z głową sępa i często utożsamiano ją albo z Sechmet, boginią z Memfis, albo z Bastet, boginią z Bubastis. Czasami to nie ona występowała jako żona Amona, ale bogini Amaunet, wspomniana razem z Amonem w „Tekstach Piramid” i włączona wraz z nim do Ogdoady (ósemki) z Germopolis.
Tebański Amon, oprócz triady, miał również własną Enneadę (dziewiątkę), podobnie jak Ra z Heliopolis.