Walka o niepodległość i osłabienie wpływów Portugalii, przystąpienie do ONZ z równoczesnym uzyskaniem niepodległości przez Timor Wschodni.
Gospodarcze i polityczne wstrząsy zachwiały Indonezją. Liczący w 2000 roku 212 milionów mieszkańców należący do tysiąca grup etnicznych mówiących 250 językami, Indonezja stanowiła konglomerat, który można porównywać tylko z Indiami. Jedynym spoiwem był czynnik kulturalno-religijny, któremu jedność nadali kolonizatorzy. Tereny kresowe, zwłaszcza chrześcijański, opanowany dopiero w 1975 roku Timor Wschodni, animistyczno-chrześcijańska Nowa Gwinea i muzułmański, sumatrzański Ach czuły się eksploatowane przez Jawajczyków. Ostatni stanowili 42% ludności, jednak sama Jawa nie zajmowała nawet 7% obszaru Indonezji, Timor Wschodni kiedyś posiadała portulaka, która została samowolnie zajęta przez Indonezję miała największe szanse na niepodległość.
Większość państw świata nie uznała jego aneksji. W wyniku tego zapłacił wysoką cenę z powodu prześladowań, walk i chorób utracił w 1975-1999 dwieście tysięcy mieszkańców, co oznacza 1/3 ludności. Osłabiona Dżakarta zaproponowała ONZ i Portugalii referendum. Zostało przeprowadzone 30 sierpnia i uzyskało 80% głosów za niepodległość. W odpowiedzi bojówki muzułmańskie proindonezyjskie przy poparciu władz wymordowały w ciągu dwóch tygodni dwadzieścia tysięcy chrześcijańskich Timorczyków. ONZ interweniowała pod presją Australii. Zaczynając od września siły ONZ obsadziły Timor, zwalczając bojówki islamistów. 30 sierpnia 2001 roku wybory na wyspie wygrał dotychczasowy ruch niepodległościowy postkomunistów, Rewolucyjny Front Niepodległości Timoru (FRETILIN). 20 maja ogłoszono niepodległość, a kraj przystąpił do ONZ. Kraj ten był zniszczony i niestabilny politycznie, jednak pokładał nadzieje w dużych zasobach ropy i gazu ziemnego.