W ostatnich latach wojny trzynastoletniej wzmocnił się osobisty autorytet króla i wzrosła rola magnaterii.
Kazimierz uporał się z nową opozycją małopolską, między innymi wykorzystując zręcznie spór o obsadę biskupstwa krakowskiego, jaki wybuchł w 1460 roku. Kapituła wybrała na biskupa podkanclerzego Jana Lutka z Brzezia, król życzył sobie Jana Gruszczyńskiego, papież mianował Jakuba z Sienna. Ingerencja papieska w wewnętrzne spory polskie przesądziła sprawę na rzecz kandydata królewskiego. Poparty przez duchowieństwo król skłonił papieża do ustąpienia, uzyskując praktycznie decydujący głos przy obsadzie biskupstw’. Niemal jednocześnie w 1462 roku, po wymarciu jednej z linii Piastów mazowieckich, Kazimierzowi udało się inkorporować do Korony ziemię bełską (od czasów Jagiełły dzierżoną przez książąt mazowieckich), Rawę i Gostynin, a w 1476 roku także Sochaczew. Otworzyło to możliwości dalszych inkorporacji, zakończonych pełnym wcieleniem Mazowsza do Korony w 1526 roku.
Widoczne były też przesunięcia w łonie magnaterii. Upadek jednych rodów (konfiskata dóbr starosty lwowskiego Andrzeja Sprowskiego) szedł w parze z rozwojem innych – Rytwiańskich, Tarnowskich, Dębińskich, Szydłowieckich. Byli to ludzie króla (przynajmniej okresowo, Jan Rytwiański i Jan Tarnowski stali się regalistami po 1462 roku), którzy w służbie państwowej dorobili się fortun. Swój majątek lokowali następnie w przedsiębiorstwach handlowych, a przede wszystkim w operacjach kredytowych, stając się między innymi wierzycielami monarchy. Mimo akcji Kazimierza, zmierzającej do rewindykowania zastawionych królewszczyzn, stan posiadania skarbu królewskiego pogarszał się, a coraz więcej dóbr państwowych znajdowało się w rękach możnowładców. Mimo też wyraźnego polepszenia koniunktury gospodarczej miasta polskie – poza pruskimi – przestawały odgrywać rolę w wielkiej polityce. Paradoksem historii jest fakt, że w okresie przyłączenia do Polski jednego z bardziej zurbanizowanych obszarów w Europie nastąpił spadek i aktywności, i możliwości działania polskiego mieszczaństwa. Zabójstwo Jędrzeja Tęczyńskiego, dokonane przez obywateli krakowskich, i surowe kary, jakie spadły na miasto, zapoczątkowały prawne i podatkowe ograniczenia, a w bliskiej przyszłości – wyeliminowanie z systemu politycznego Rzeczypospolitej stanu mieszczańskiego. Siłą, którą można się było posłużyć w rozgrywkach z magnaterią, stała się tylko średnia szlachta. Dopiero jednak syn i następca Kazimierza, Jan Olbracht (1492-1501), wykorzystał z powodzeniem sprzeczności w łonie stanu szlacheckiego, co między innymi zadecydowało o szybkiej elekcji tego władcy na tron polski.