Przed pojawieniem się protestantyzmu niemal każda z grup etnicznych zamieszkujących Koronę oraz Wielkie Księstwo wyznawała odrębną konfesję: Polacy – katolicyzm, Rusini – prawosławie, Tatarzy – islam, Żydzi – judaizm. Jedyny wyjątek od tej reguły stanowili Niemcy, polszczący się co prawda w Koronie, ale dalecy od asymilacji w Prusach Królewskich. Dopiero w luteranizmie znaleźli oni potwierdzenie własnej odrębności etnicznej, którego dotąd im nie zapewniało wspólne z Polakami czy Litwinami wyznanie. Była to jedna z przyczyn popularności nowej wiary wśród ludności miejskiej Prus Królewskich, na Śląsku czy pomiędzy niemieckim patrycjatem Poznania, Krakowa, Wilna lub Lwowa. Docierająca najpierw od Zachodu (z sąsiednich Niemiec), a później i od północy propaganda wyznaniowa, prowadzona przeważnie w języku Marcina Lutra, najżywszy oddźwięk znalazła w Gdańsku, gdzie posłużyła za sztandar rewolcie społecznej (1525), skierowanej przeciwko patrycjatowi. Już jednak analogiczne konflikty, jakie w tym samym czasie miały miejsce w kilku miastach Korony, utrzymywały się w granicach katolickiej ortodoksji.
Szlachta pozostała początkowo obojętna na hasła reform religijnych. Choć już na sejmach lat 1520-1537 dość ostro atakowała przywileje kleru, to jednak z postulatów zniesienia sądownictwa duchownego nad świeckimi czy wystąpień przeciwko dziesięcinom nie wynikało, aby myślała o zamianie Rzymu na Wittenbergę. Był to raczej antyklerykalizm niż antykatolicyzm, przejaw konfliktów stanowych, jakie zarówno w XV stuleciu, jak i później, w dobie największych triumfów kontrreformacji, będą wybuchać pomiędzy duchowieństwem a szlachtą. Dopiero pod rządami Zygmunta Augusta protestantyzm zyskał szerszą popularność, a i to przede wszystkim wśród elity szlacheckiej. Dlatego też, mimo że nawet w szczytowym okresie rozwoju reformacji jej zwolennicy stanowili zaledwie 16-20 procent tego stanu, oni nadawali ton życiu umysłowemu i politycznemu. Bo też i cała reformacja była raczej „wielką przygodą intelektualną” niż poszukiwaniem „szczerego słowa Bożego”, owej prawdy o rzeczach wiecznych, nic skażonej przez ludzkie dodatki. Dla wielu spośród szlacheckich przywódców stanowiła nie cel, lecz środek: dogodne narzędzie walki z magnaterią duchowną oraz przywilejami kleru jako stanu. Była rozprawą z jeszcze jednym konkurentem na drodze do hegemonii w państwie. Dla możnowładztwa litewskiego akces do reformacji oznaczał również utrzymanie niezależności od Korony, dla polskich wielmożów – sposobność do wyłamania się spod kontroli zawisłego od dworu Kościoła. Nie znaczy to oczywiście, aby wszystkie konwersje można było sprowadzić do świadomie wykoncypowanych „świeckich” motywacji w rodzaju tych, które wymieniliśmy powyżej. Wieloma ludźmi kierował odziedziczony jeszcze po średniowieczu strach o zbawienie, wynikający z przekonania, iż jest ono możliwe tylko w „prawdziwym” Kościele.
Dzięki z jednej strony silnej pozycji magnaterii w państwie polsko-litewskim, z drugiej zaś przywilejom szlacheckim warstwy te mogły roztoczyć skuteczny protektorat nad rozwojem nowej wiary, już w 1554 roku doszło w małopolskich Słomnikach do pierwszego synodu zwolenników kalwinizmu, który stał się też konfesją znacznej części protestanckiej szlachty. Od luteranizmu odpychał ją zarówno obcy etnicznie charakter tego wyznania, jak i jego służebna rola w rękach władcy świeckiego (króla lub księcia). Pozostał on religią raczej mieszczańską; początkowo zwalczany (stłumienie rewolty gdańskiej przez Zygmunta 1), później uzyskał swobodę kultu. W latach 1557-1558 Zygmunt August przyznał ją głównym miastom Prus Królewskich, co następnie zostało rozciągnięte na całą dzielnicę. Nie zyskała szerszej popularności wśród szlachty konfesja braci czeskich, wywodzących się z umiarkowanego skrzydła husytyzmu. Przybyli w roku 1548 do Wielkopolski, tu też, po przejściowym ograniczeniu swobody kultu, założyli swą główną siedzibę.
Spośród wszystkich wyznań protestanckich jedynie kalwinizm umacniał w szlachcic poczucie jej równorzędności wobec władcy, a wyższości nad podległym królowi aparatem administracyjnym. W Kościele tym decydujący głos mieli jego świeccy seniorzy, a nie władca (jak w luteranizmie) czy duchowni nowej wiary, zwani ministrami (jak wśród braci czeskich). Tymczasem szlachta kalwińska widziała w swych duchownych narzędzie, lecz nigdy współpartnerów. Skąpo i niechętnie łożyła na ich utrzymanie, jak również na szkoły, drukarnie czy budowę nowych świątyń, niezbędnych tam, gdzie nie udało się zamienić na zbory dawnych kościołów katolickich. Na próżno też ministrowie apelowali o poprawę doli poddanych; reformacja nic przyniosła żadnych zmian w ich położeniu. Była to jedna (lecz nie jedyna) z przyczyn, dla których chłopi polscy – poza nielicznymi wyjątkami – pozostali obojętni na hasła nowej wiary. Inną przyczynę jej słabości stanowiło rozbicie ruchu reformacyjnego na kilka, często nawzajem się zwalczających sekt i Kościołów. Aby temu zaradzić, dość wcześnie rozpoczęto starania o zjednoczenie wyznań protestanckich na gruncie wspólnej konfesji. Miano nadzieję, iż z chwilą, gdy zostanie uchwalona, przedłoży się ją królowi, ten zaś stanie na czele nowego Kościoła. Wizja soboru narodowego, który odłączy Polskę od Rzymu, z jednej strony przyświecała przywódcom polskiej reformacji, z drugiej zaś spędzała sen z powiek szermierzom obozu katolicyzmu. Z równym niepokojem obserwowali oni unijne zabiegi różnowierców, którym patronował specjalnie w tym celu przybyły z emigracji do Polski (1556) Jan Łaski. Ten kalwiński teolog i działacz odegrał poważną rolę w rozwoju ruchu reformacyjnego również na zachodzie Europy.
Rychła śmierć Łaskiego (1560) zadała poważny cios nadziejom protestantów. W latach następnych zostały one wystawione na jeszcze większą próbę. Na synodach kalwińskich lat 1562-1565 doszło bowiem do rozłamu, w wyniku którego powstał odrębny Kościół antytrynitarzy, negujących bóstwo Chrystusa oraz istnienie Trójcy św. Do braci polskich (jak się sami nazywali) przeszła niemal cała elita intelektualna ministrów kalwińskich w osobach Marcina Czechowica, Grzegorza Pawia, Marcina Krowickiego i Szymona Brudnego. Oprócz radykalizmu dogmatycznego (zaczerpniętego po części z doktryny włoskich antytrynitarzy reprezentowali oni także i społeczny, wyrażający się w potępieniu pańszczyzny i poddaństwa chłopów, jak również w skrajnym pacyfizmie. Wszystko to kompromitowało poniekąd cały obóz polskiej reformacji, który nie dopuścił arian do zgody sandomierskiej, zawartej w roku 1570 przez kalwinistów, luteranów oraz braci czeskich. Magnateria kalwińska zabiegała nawet o wygnanie ich z Polski (1566), czemu stanęła na przeszkodzie panująca w Rzeczypospolitej tolerancja.