Liczne konflikty Kościoła z państwem przyczyniły się do aresztowań biskupów, w tym kardynała Wyszyńskiego.
W różny sposób starano się skompromitować kościół. Fabrykowano oskarżenia księży, likwidacja domów zakonnych, usunięcie sióstr zakonnych ze szpitali, upaństwowienie organizacji dobroczynnych „Caritas”, aresztowanie wielu księży. Wszystko to nasiliło się po śmierci prymasa Hlonda, a objęciu zwierzchnictwa przez Stefana Wyszyńskiego. Episkopat oskarżano o utrzymywanie tymczasowości na ziemiach zachodnich i północnych, kiedy kościół przyczyniał się do ich integracji z resztą kraju. Władze utrudniały budowę kościołów i możliwości kształcenia księży. Kiedy w listopadzie 1952 roku Wyszyński uzyskał godność kardynała nie pozwolono wyjechać mu do Rzymu. Zaczęto ingerować w sprawy kościoła i osłabiano zwartość Kościoła. Stworzono środowisko księży – patriotów, współpracujących z państwem. W 1950 roku stworzono specjalny Urząd do Spraw Wyznań zależny od PZPR i Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego.
14 kwietnia 1950 roku podpisano między Kościołem, a państwem porozumienie o lojalności episkopatu wobec państwa nie przeciwstawianiu się wobec polityki gospodarczej państwa i wspólne zwalczanie podziemia. W maju 1953 roku kiedy ataki na kościół nasiliły się napisano list otwarty do władz. Wystosowano też protest przeciw skazaniu biskupa Kaczmarka. 26 kwietnia prymas Wyszyński został aresztowany, a po nim pięciu biskupów. Jednak tym sposobem podniesiono tylko autorytet prymasa.