Zawiązanie się czwartej koalicji (Prusy, Rosja, Anglia) doprowadziło do wybuchu kolejnej wojny. Napoleon uderzył na Prusy. W błyskawicznej kampanii (Jena i Auerstedt, 14 października 1806 roku) Francuzi pobili armię pruską. Już 27 października Napoleon stanął w Berlinie. Rozbite Prusy nie skapitulowały jednak, a armia rosyjska nadciągała im z pomocą. Było rzeczą jasną, że dalsze walki toczyć się będą w Polsce, daleko od francuskiego zaplecza, toteż Napoleon zainteresował się sprawą polską. Pragnął sprowadzić Kościuszkę, wiedząc, jak wielkim cieszy się autorytetem. Naczelnik uzależnił swą współpracę z Bonapartem od trzech warunków: odbudowy Polski w granicach przedrozbiorowych, nadania jej liberalnej konstytucji na wzór angielski i uwłaszczenia chłopów. Było to dla Napoleona nie do przyjęcia, więc drogi cesarza i naczelnika rozeszły się raz na zawsze. Wezwano do Berlina Dąbrowskiego i Wybickiego, którzy wydali odezwę do Polaków, wzywającą ich do zrzucenia przy pomocy Francuzów pruskiego jarzma. Napoleon nie obiecywał Polakom niczego konkretnego („obaczę, jeżeli Polacy godni są być Narodem”). Chciał mieć natomiast – i to jak najszybciej – polskich żołnierzy.
4 listopada Francuzi wkroczyli do Poznania. Dwa dni później przybyli tam, owacyjnie witani, Dąbrowski i Wybicki. O ile mieszczanie radowali się, o tyle szlachta ziemiańska zajęła postawę wyczekującą. Na wieść o postępach armii francuskiej wybuchło w Kaliskiem i Sieradzkiem powstanie, zainicjowane 9 listopada przez byłego oficera Kaspra Miaskowskiego. Powstańcy zajmowali miasta i miasteczka (Kalisz, Sieradz, Łęczycę, Częstochowę), zmuszając drobne garnizony pruskie do kapitulacji. W oczekiwaniu na nadejście oddziałów francuskich insurgenci ustanawiali własną administrację. Dąbrowski tymczasem organizował naprędce polską regularną siłę zbrojną. W końcu listopada Francuzi wkroczyli do Warszawy. Lud powitał napoleońskich żołnierzy radośnie, książę Józef Poniatowski i arystokracja, niepewna zamysłów cesarza i własnych losów – z rezerwą. Dobrze przyjmowane przez Polaków wojska francuskie zachowywały się jak w kraju zdobytym: grabiły, gwałciły, nakładały kontrybucje. Początkowa popularność, jaką się cieszyły, rychło zmalała.
Napoleon pojawił się w Warszawie w grudniu, w styczniu zaś – również w ożywionej po dawnemu stolicy – zawiązał romans z Marią Walewską. Cesarz zorientował się, że trzeba w Polsce postawić na arystokrację (jakobinom był niechętny, a dawnym legionistom nie bardzo dowierzał). Zjednał sobie księcia Józefa, który miał mu pozostać wierny aż do końca. 14 stycznia 1807 roku cesarz powołał do życia całkowicie zależną od wojskowych władz francuskich, siedmioosobową Komisję Rządzącą (bez Dąbrowskiego, choć z Wybickim), która miała administrować ziemiami polskimi zaboru pruskiego. Prezydował jej Stanisław Małachowski, dyrektorem (ministrem) wojny został książę Józef Poniatowski.
W krótkim czasie Polacy dokonali ogromnego dzieła, tworząc trzydziestotysięczne wojsko (trzy dywizje: Poniatowskiego, Zajączka i Dąbrowskiego). Młoda armia polska, dowodzona w większości przez oficerów legionowych, wzięła chlubny udział w kampanii 1807 roku przeciw wojskom prusko-rosyjskim. Walczyli Polacy pod Tczewem i w oblężeniu Gdańska, pod Grudziądzem i na Pomorzu Zachodnim (Słupsk, Kołobrzeg), wreszcie w walnej bitwie pod Frydlandem (14 czerwca 1807 roku), która zakończyła wojnę 1806-1807 roku.
Podczas rozmów pokojowych z Aleksandrem I w Tylży Napoleon początkowo proponował oddanie carowi ziem polskich żabom pruskiego, Aleksander zaś odstępował je cesarzowi Francuzów po to, by mógł obdarzyć nimi jednego z członków swej rodziny. W wyniku kompromisu Gdańsk z okręgiem ustanowiono wolnym miastem, obwód białostocki przyłączono do Rosji, a z ziem drugiego i trzeciego zaboru pruskiego (częściowo też pierwszego) utworzono Księstwo Warszawskie pod berłem alianta Francji, króla saskiego Fryderyka Augusta. Traktat tylżycki nie anulował rozbiorów. Nie wypowiedziano w nim imienia Polski. Księstwo liczyło 104 000 km: (około 16 procent terytorium przedrozbiorowej Rzeczypospolitej) i 2,6 miliona mieszkańców, w 79 procentach Polaków. Przez Śląsk wytyczono eksterytorialną drogę, łączącą Saksonię i Księstwo Warszawskie.
„Kiedy do Warszawy dotarły wieści z Tylży, zapanował nastrój przygnębienia i zawodu” (Barbara Grochulska). Powstawała jednak, cząstkowa wprawdzie, ale polska państwowość. Miało to dla narodu wielkie znaczenie.