Justynian urodził się w niearystokratycznej rodzinie na Bałkanach. Jego wuj Justyn służył w cesarskiej straży przybocznej i został jej dowódcą, a następnie cesarzem w latach 518-527 n.e. Justyn awansował i adoptował swojego utalentowanego siostrzeńca i ogłosił go współwładcą w 527 roku. Dwa lata wcześniej Justynian poślubił Teodorę, byłą aktorkę i prostytutkę, która do śmierci w 548 roku okazała się silnym partnerem cesarskim. Justynian przewidział przywrócenie imperialnej jedności i władzy który został osłabiony w V wieku, kiedy imperium znosiło ataki plemion niemieckich, które odsunęły większość Zachodu od imperialnej kontroli.
W 532 Justynian stawił czoła najpoważniejszemu wyzwaniu podczas zamieszek Nika w Konstantynopolu (nazywanych tak, ponieważ tłum wykrzykiwał „Nika”, greckie słowo oznaczające „zwycięstwo”). Reformy podatkowe Justyniana i niektórzy jego urzędnicy byli niepopularni. Justynian próbował aresztować członków Błękitnych i Zielonych (wiodących klubów sportowych, które wspierały swoich woźniców noszących te barwy podczas wyścigów na Hipodromie), którzy robili zamieszki. Zamieszki przybrały na sile, a różni senatorowie, którzy sprzeciwiali się centralizacji władzy Justyniana, wykorzystali zamieszki, które wydawały się gotowe obalić rząd, do zaproponowania nowego kandydata imperialnego. Justynian rozważał porzucenie tronu. W tej chwili zwątpienia Teodora oświadczyła, że wolałaby umrzeć niż porzucić cesarską purpurę. Wzmocniony przez nią Justynian uwolnił żołnierzy pod wodzą Belizariusza i Mundo, którzy zmasakrowali podobno 30 000 ludzi. Zamieszki wzmocniły pozycję Justyniana, który wykorzystywał je do aresztowania i karania przeciwników politycznych.
W ramach przywracania jedności i władzy Justynian zlecił rewizję i reorganizację przepisów, znanych pod wspólną nazwą Corpus Iuris Civilis. Prace te obejmowały Kodeks (księga prawna), Digest (decyzje prawne i komentarze), Instytuty (podręcznik prawniczy) oraz Powieści, które były nowymi prawami ogłoszonymi po Kodeksie.
Największym wyzwaniem Justyniana było znalezienie sposobu na zjednoczenie różnych grup chrześcijańskich w jego imperium. Bez rozwiązania tego problemu imperium pozostałoby podzielone między ziemie wschodnie, takie jak Egipt i Syria, oraz Zachód. Jako student teologii Justynian był jednym z niewielu cesarzy, którzy pisali dzieła teologiczne, choć nie wahał się prześladować innych grup, aby naciskać na nich, by się dostosowali. Prześladował niechrześcijan, takich jak Samarytanie i pogan.
Problemy teologiczne dotknęły nawet pałac cesarski. Jego żona Teodora była zwolenniczką monofizytyzmu, podczas gdy on sam wahał się między pozycją prochalcedońską a bardziej tolerancyjną. W 553 Justynian zwołał V Sobór Powszechny, który zebrał się w Konstantynopolu. Nie przyniosło to niestety trwałego rozwiązania. Justynian odnosił większe sukcesy z innymi grupami, a mianowicie chrześcijanami arianizmu, którzy odrzucili Sobór Nicejski i Sobór Efeski, który głosili, że Chrystus został zrodzony, a nie stworzony przez Boga. Jego prześladowania sprawiły, że stosunki z plemionami germańskimi na Zachodzie były niełatwe, ponieważ oni też byli arianami (oprócz Franków). Cel Justyniana, jakim było wykorzenienie herezji i wciągnięcie ziem Zachodu z powrotem w ręce Rzymian, miał zostać osiągnięty przez atak militarny.
Pod Belizariuszem prowadził najpierw kampanię przeciwko Wandalom z Afryki Północnej, których szybko podbił (533-534). Kampania przeniosła się następnie na Sycylię i Włochy, gdzie Ostrogoci zostali pokonani w długotrwałym konflikcie, który spustoszył Włochy (535-552). (Trzy lata po śmierci cesarza Longobardowie najechali Włochy i pozbawili imperium znacznej części odzyskanego półwyspu). Justynian okupował także część Hiszpanii, którą zajmowali Wizygoci. Skupienie armii na zachodzie osłabiło jednak obronę wschodnią i północną.
Wizja jedności Justyniana zdołała przywrócić całe regiony z powrotem do imperium, stworzyła trwałą kompilację prawną, zbudowała jeden z wielkich pomników światowej architektury i zapewniła imperialną władzę nad wszystkimi wyzwaniami. Nie potrafił znaleźć rozwiązania podziałów teologicznych, a koszt zachodniej rekonkwisty opróżnił skarbiec i otworzył przed jego następcami problemy obronne.