Kryzysowi gospodarki i struktury ustrojowej towarzyszyło stopniowe narastanie wśród szlachty nietolerancji wyznaniowej. Więzi religijne zaczęły brać górę nad narodowymi, a interes panującego wyznania stał się ważniejszy od dobra państwa.
Kontrreformacja, ograniczając prawa mniejszości wyznaniowych, zmuszała je do szukania pomocy na zewnątrz Rzeczypospolitej. W ten sposób powstawało swego rodzaju błędne koło; ponieważ obóz katolicki szykanował dysydentów, skłaniali się oni niejednokrotnie do porozumienia z wrogiem, co z kolei pociągało za sobą dalsze represje. Ponosząca klęski militarne szlachta zaczęła szukać również i winowajców wewnętrznych, znajdując ich właśnie w „heretykach”. Rola obrońców’ „przedmurza katolicyzmu” stawała się na dłuższą metę trudna do pogodzenia z tolerowaniem jego przeciwników7 wewnątrz Rzeczypospolitej. Po uchwaleniu banicji arian (1658) zakazano z kolei, pod karą śmierci, odstępstwa od religii panującej (1668). W 1673 roku sejm postanowił, że indygenaty i nobilitacje będą nadawane wyłącznie katolikom.
Poważnie uszczuplony został także stan posiadania prawosławia. Na przełomie XVII i XVIII wieku, po odpadnięciu znacznej części Ukrainy zamieszkanej przez jego wyznawców, większość prawosławnych (z biskupami na czele) przystąpiła do unii. Prawosławnym pozostawała tylko jedna eparchia (diecezja) z siedzibą w Mohylewie.
Mimo wszystko jednak nie doszło w Polsce do takich prześladowań mniejszości wyznaniowych, jakie na przykład przeżywała Francja po odwołaniu edyktu nantejskiego (1685). Żaden z przebywających po roku 1660 potajemnie w ojczyźnie arian nic poniósł śmierci za swe wyznanie, mimo ustawy, która wyraźnie nią groziła. Dość liczne procesy ex regestra arianismi pociągały bowiem za sobą jedynie konfiskatę dóbr i nakaz banicji (jeśli obwiniony nie chciał przyjąć katolicyzmu). Z grona szlachty katolickiej jeden tylko Kazimierz Łyszczyński zapłacił głową za swój domniemany czy też rzeczywisty ateizm (1689).
Choć na terenie Korony wprowadzono liczne ograniczenia kultowe wobec różnowierców, to kalwini litewscy i luteranie pruscy cieszyli się po dawnemu swobodami wyznania. Pierwszym zapewniała je opieka współwyznawców w dobrach prywatnych, drugim – protekcja możnych miast pruskich z Gdańskiem na czele. I jeśli kto bywał w Toruniu, Elblągu czy w Gdańsku stroną szykanowaną, niechętnie dopuszczaną do cechów i prawa miejskiego, to raczej katolicy niż dysydenci.
Mimo że powstanie Chmielnickiego zadało poważny cios gminom (tak zwanym kahałom) żydowskim na Ukrainie, to jednak liczba tej ludności stale w Polsce wzrastała: od 150 000-170 000 w XVII wieku do 500 000 w połowic następnego stulecia. Szlachecka Rzeczpospolita stała się największym w całej Europie skupiskiem Żydów, a to na skutek przywilejów monarszych, jakimi się cieszyli. Ich gminy korzystały z daleko idącej autonomii oraz z pełnego niemal samorządu, który rozciągał się zarówno na sprawy religii, jak i kwestie opieki społecznej, szkolnictwa czy wreszcie wymiaru sprawiedliwości (Żydzi stawali przed osobnymi sądami, w których zasiadali urzędnicy królewscy). W atmosferze daleko idącej tolerancji następował rozkwit życia kulturalnego gmin żydowskich w Polsce. Wydały one wielu wybitnych rabinów, wysoko cenionych w środowiskach ortodoksyjnych na zachodzie Europy. Zwłaszcza miasteczka Wielkiego Księstwa Litewskiego dostarczały Niderlandom całych pokoleń rabinów.
Mimo to od czasu do czasu Żydzi padali ofiarami procesów, w których zarzucano im popełnianie rzekomych mordów rytualnych czy współudział w profanacji hostii. Natomiast „czarownice” pomawiano o ściąganie pomoru na bydło, a śmierci lub chorób na ludzi. Procesy „czarownic” rozpowszechniły się w drugiej połowie XVII wieku, zwłaszcza w zachodnio-północnych regionach państwa (pod wpływem sąsiednich Niemiec). Ofiarą tego ponurego zabobonu padło również i na ziemiach polskich kilka tysięcy kobiet ze wsi i małych miasteczek (prześladowania nie objęły szlachcianek, chronionych przywilejami stanowymi).
Był to oczywiście regres w stosunku do tolerancji, z jakiej Polska jeszcze sto lat wcześniej słynęła w całej Europie. Wiązał się on ze wzrostem roli kleru, przede wszystkim w życiu prywatnym, gdzie ksiądz towarzyszył szlachcicowi jako jego doradca, spowiednik i powiernik od kołyski aż po grób. Wyższe duchowieństwo, zajmujące odpowiedzialne stanowiska państwowe, prowadziło często swoją własną politykę, wyrażającą się głównie w popieraniu możnych rodów magnackich, z którymi było związane. Następowało zeświecczenie stylu życia biskupów, który nie różnił się częstokroć od tego, jaki cechował magnaterię świecką, a równocześnie rosła pauperyzacja niższego kleru; także jego poziom intelektualny oraz moralność pozostawiały wiele do życzenia.
Dopóki jednak Kościół katolicki musiał w walce z ruchem reformacyjnym ograniczać się w dużym stopniu do perswazji, dopóty też rozkwitała katolicka polemika wyznaniowa, rozwijała się myśl teologiczna, a kaznodziejstwo znajdowało wielu świetnych przedstawicieli (z Piotrem Skargą na czele). W drugiej połowie XVII wieku, gdy przeciwników’ zmuszono do milczenia (lub emigracji z Polski), a rzeczową argumentację zastąpiły groźby i wyzwiska, również i poziom kontrreformacji wyraźnie się obniżył. Miejsce głębszej refleksji zajął katolicyzm oparty w znacznym stopniu na uczuciu i wyobraźni. W Polsce doby triumfu kontrreformacji treść ideologiczna tej doktryny sprowadzała się w dużym stopniu do zewnętrznych przejawów kultu.
W drugiej połowie XVII wieku nastąpiła prowincjonalizacja polskiego Kościoła, a Rzym zaczął się coraz mniej liczyć nic tylko z władzą świecką, ale duchowną naszego kraju. Polscy katolicy pozostali na uboczu wielkich sporów wstrząsających Kościołem (jak na przykład polemiki na temat laski czy wolnej woli), a ich zainteresowania ograniczały się cora2 bardziej do spraw’ wewnątrzkrajowych. Pojawiła się natomiast ogromna liczba modlitewników, medytacji nabożnych, żywotów świętych; wszystkie te dzieła stanowiły dość często adaptacje utworów literatury średniowiecznej. Towarzyszył temu procesowi częściowy zanik tendencji laickich, zapoczątkowanych jeszcze w XVI stuleciu. W nauce, literaturze i sztuce motywy oraz tematy sakralne zaczęły brać górę nad świeckimi.
Kaznodziejstwo miało właściwie tylko jednego dobrego przedstawiciela w osobie Tomasza Młodzianowskiego (zm. 1686), autora wielu rozpraw teologicznych, filozoficznych i ascetycznych. Na ogół jednak na ambonie silono się na olśnienie słuchaczy afektowanym stylem, dziwacznie dobranymi przykładami, w poszukiwaniu których sięgano nie tylko do Pisma Świętego, lecz również do mitologii antycznej czy wreszcie do wieści napływających z niedawno poznanych kontynentów. I tu dały o sobie znać typowe dla kultury baroku tendencje do przesady, niezwykłości oraz teatralizacji wszystkich dziedzin życia ludzkiego.