Jeśli spojrzymy na mapę wyznaniową Rzeczypospolitej szlacheckiej w początkach XVII wieku, rzuci się nam w oczy regionalizacja resztek ruchu reformacyjnego. Luteranizm był bowiem skupiony w Prusach Królewskich, gdzie korzystał z opieki zamożnych i wpływowych miast pruskich. W Wielkopolsce w dobie wojny trzydziestoletniej zaczęli osiedlać się luterańscy uchodźcy ze Śląska i Niemiec; do mieszkających tu od dawna braci czeskich doszła nowa fala ich współwyznawców, wygnanych z ojczyzny. Osiedlali się oni przeważnie w Lesznie, które dzięki temu powiększyło prawie sześciokrotnie liczbę ludności. Kalwinizm przetrwał w Małopolsce oraz na terenie Wielkiego Księstwa Litewskiego, gdzie korzystał z protekcji najpotężniejszych magnatów w osobach Radziwiłłów. Jedynie zbory braci polskich, skupione na Pogórzu, Wołyniu i Kijowszczyźnie, były pozbawione możnych protektorów. Puklerz przywilejów stanowych sprawiał jednak, że również i tam swobodnie działały szkoły, zbory i drukarnie różnowiercze. Granice posiadłości szlacheckich stanowiły bowiem (do czasu) barierę, której kontrreformacja nie była w stanic naruszyć.
W tych warunkach pozostawało jej rozdawnictwo zyskownych królewszczyzn i zaszczytnych urzędów przede wszystkim wśród katolików; w takiej właśnie polityce celował Zygmunt III Waza. Za narzędzie oddziaływania na społeczeństwo szlacheckie służyło również szkolnictwo średnic, pozostające głównie w rękach jezuitów. Zwabieni wysokim poziomem i formalną bezpłatnością nauczania, posyłali tam dzieci także i różnowiercy, aby po pewnym czasie widzieć swych synów gorliwymi katolikami, bo tak zazwyczaj kończyła się edukacja w kolegiach. Wychowankowie jezuitów zasilali stronnictwo katolickie, torpedujące na sejmach wszelkie próby obwarowania konfederacji warszawskiej przepisami wykonawczymi, które miałyby działać odstraszająco na gwałcicieli pokoju religijnego. Zasiadali oni również w trybunałach szlacheckich, które już w latach dwudziestych XVII wieku zaczęły wydawać wyroki skazujące na kary więzienia i grzywny za wydanie książki różnowierczej nawet szlacheckich zwolenników protestantyzmu (słynna sprawa Samuela Bolestraszyckiego z 1627 roku). Nic więc dziwnego, że dysydenci coraz częściej uskarżali się na „nowych katolików”, przedkładających interesy papiestwa nad dobro wspólnej Rzeczypospolitej.
Pierwsi się o tym mieli przekonać arianie, wyznanie liczebnie najsłabsze, budzące zaś powszechną niechęć (od której i protestanci nie byli wolni) swym radykalizmem dogmatycznym oraz postulatami wolności sumienia. Pod rządami tolerancyjnego króla Władysława IV nastąpiło zamknięcie słynnej w całej Europie stolicy antytrynitarzy, jaką był Raków. Na mocy wyroku sejmowego z 1638 roku doszło do likwidacji tamtejszej akademii, drukarni i zboru. W następnych latach podobne wyroki zaczęły zapadać na arian wołyńskich, wreszcie edykt z 1647 roku zabronił w ogóle braciom polskim utrzymywania szkół i typografii.
Słabość aparatu wykonawczego i wzrastająca anarchizacja stosunków w państwie sprawiały, że większość z tych surowych wyroków pozostawała na papierze. Mnożyły się natomiast dobrowolne konwersje; pozbawiały one ośrodki różnowiercze możnych protektorów, tym samym skazując je na zagładę. Równocześnie jednak z sukcesami kontrreformacji odzywały się nawet wśród katolików głosy krytykujące wzrost liczby księży oraz zakonników, jak też powiększanie się majątku kościelnego (w ziemi i kosztownościach). Za staraniem szlachty Urban VIII wydał w 1633 roku zarządzenie, zakazujące jezuitom i niektórym innym zakonom nabywania dóbr ziemskich. W dwa lata później sejm Rzeczypospolitej rozciągnął ten zakaz na całe duchowieństwo, zabraniając przekazywania jakimkolwiek sposobem dóbr ziemskich szlachty Kościołowi. Kler mimo to zawsze znajdował sposoby, aby obejść te niewygodne dla siebie rozporządzenia. Sam fakt jednak, że zostały one uchwalone, świadczy, iż atmosfera stosunków między państwem a Kościołem uległa za panowania Władysława IV Wazy pewnej zmianie w porównaniu z okresem rządów jego ojca.