U genezy polskiej tolerancji leżały zarówno historyczne tradycje państwa, w którym jeszcze przed pojawieniem się reformacji miało miejsce pokojowe współżycie wyznań (katolicyzmu z prawosławiem, z nawet z islamem), jak i przywileje stanu szlacheckiego. Do tych ostatnich należało prawne zabezpieczenie przed prześladowaniami ze strony władzy świeckiej. Choć sejm dopiero w latach 1562-1563 zakazał starostom egzekucji wyroków władzy duchownej (w tym i dotyczących tak zwanych heretyków), to jednak już wcześniej szlachta różnowiercza, korzystając z puklerza przywilejów stanowych, bez przeszkód fundowała zbory, szkoły i drukarnie w swoich posiadłościach.
Po co najmniej dwóch dziesięcioleciach faktycznej tolerancji, bo dopiero w styczniu 1573 roku, uchwalono konfederację warszawską. Jej sygnatariusze zobowiązali się do nienarzucania wiary przemocą, gdyby zaś władza zwierzchnia próbowała wszcząć prześladowania religijne, mieli się temu zdecydowanie przeciwstawić. Konfederacja gwarantowała całej szlachcic pełną swobodę w wyborze wyznania. Pozostawanie poza obrębem Kościoła katolickiego nie mogło pociągać za sobą jakiejkolwiek dyskryminacji w dostępie do urzędów i godności. Ponieważ nie wymieniła innych poza katolickim wyznań, dopuszczała przeto do istnienia w szlacheckiej Rzeczypospolitej przeróżnych sekt i Kościołów.
Nic więc dziwnego, iż Polska zyskała sobie w XVI-wiecznej Europie miano „azylu heretyków” (a u dzisiejszych badaczy nazwę „państwa bez stosów”). O szerokim zakresie tego azylu świadczy fakt, iż znajdowali w nim z jednej strony schronienie wyznawcy sekt protestanckich, uciekający przed wyrokami katolickich sądów duchownych i trybunałów inkwizycyjnych, z drugiej zaś – ludzie skłóceni ze wszystkimi wyznaniami i nie uznający żadnej organizacji kościelnej. Pozawyznaniowa działalność obcych przybyszów (jako wykładowców, pisarzy czy typografów) stanowiła istotny wkład do rozwoju kultury polskiego odrodzenia. Pozytywnie (dzięki wzrostowi liczby publikacji, szkół i drukarń) wpłynął na nią również i sam protestantyzm. Podobnie jednak jak nie naruszał on więzów solidarności stanowej szlachty, tak i nie przyczynił się do wytworzenia odrębnych form życia obyczajowego. Polscy różnowiercy na równi z katolikami brali udział w tworzeniu kultury ogólnochrześcijańskiej w Rzeczypospolitej XVI wieku. Gdyby nawet pozostała ona krajem czysto katolickim, to i tak rozwinęłaby się tu sieć drukarń, powstałyby liczne księgozbiory, a całe rzesze studentów pospieszyłyby na zagraniczne uniwersytety. Istotnym czynnikiem sprawczym były z jednej strony wpływy humanizmu i odrodzenia, z drugiej zaś fakt, że dzięki polskiej tolerancji mógł zapanować pełny pluralizm światopoglądowy, stanowiący niezbędny warunek rozwoju kultury.