Próby podziemnej, zbrojnej walki o niepodległość podjęto natychmiast po trzecim rozbiorze, były one jednak słabe, a organizacje spiskowe na ogół oderwane od ludu miejskiego i wiejskiego, (uż u progu 1796 roku zawiązała się w Krakowie tajna konfederacja. Niedługo później powstała większa organizacja konspiracyjna. Jej władze rezydowały we Lwowie, stąd pierwszy spisek niepodległościowy, jednoznacznie szlachecki, zmierzający do odbudowania dawnej Rzeczypospolitej, przeszedł do historii jako Centralizacja Lwowska. Na jej czele stanął wielki właściciel ziemski z Podola, Walerian Dzieduszycki. Sprzysiężeni działali przede wszystkim w Galicji, lecz również w zaborze pruskim, a także na Wołyniu i na Litwie. W tureckiej Mołdawii pod opieką miejscowych władz zorganizował przeciw Austrii wojsko polskie (około 1000 ludzi! dawny insurgent, wołyński szlachcic, pułkownik Joachim Denisko, powiązany z Centralizacją. W kwietniu 1797 roku żołnierze Deniski zaatakowali austriacką Bukowinę, zmierzając ku Galicji, ponieśli jednak klęskę pod Dobronowcami. Nastąpiły aresztowania, głównie w Galicji. Centralizacja została rozbita.
W 1797 roku zawiązał spisek wśród niemieckiej i polskiej młodzieży w Gdańsku Gotfryd Bartholdy, entuzjasta rewolucji francuskiej, republikanin i wróg Prus. Zamierzał wygnać z miasta Prusaków i ustanowić przy wsparciu Francuzów republikę. Kiepsko zorganizowane sprzysiężenie zostało rozbite przez policję. Część konspiratorów uciekła, część powędrowała do więzienia. Skazany na karę dożywotniego więzienia Bartholdy został uwolniony w 1802 roku, po czym zbiegi do Francji.
O ile Centralizacja miała charakter szlachecki, zarówno co do składu członków, jak i programu politycznego, a spisek Bartholdyego – republikańsko-mieszczański, o tyle chłopski miał być tajny związek, utworzony w 1797 roku na Podlasiu przez geometrę Franciszka Gorzkowskiego, szlachcica z Warmii, wykształconego we Francji kościuszkowskiego insurgenta i gorącego polskiego jakobina. Agitował więc Gorzkowski chłopów przeciw zaborcom i przeciw panom. Celem spisku było utworzenie chłopskiej armii, która z pomocą Francji przegnałaby zaborców i ustanowiła republikę na modłę francuską. Działalnością Gorzkowskiego zaniepokoili się ziemianie. Jeden z nich wydał Austriakom „głównego jakobina” i jego najbliższych współpracowników. Gorzkowski został skazany w Krakowie na śmierć (1802), wyroku wszakże nie wykonano, a spiskowca wydalono z Austrii. Osiadł wtedy w pruskiej Warszawie, gdzie doczekał się armii francuskiej, już jednak nic jakobińskiej, lecz cesarskonapoleońskiej.
Tymczasem dwie małe pojakobińskie tajne organizacje, działające od 1795 roku w Warszawie, zjednoczyły się w 1798 roku, tworząc Towarzystwo Republikanów Polskich (TRP). Kontaktujące się potajemnie z więzionym przez Austriaków Kołłątajem, związane ideowo z lewicą emigracyjną i uznające za swego przywódcę Tadeusza Kościuszkę (naczelnik uważał się za człowieka TRP), popierało jednak Legiony Polskie we Włoszech. Stowarzyszenie, którego przywódcami byli między innymi Karol Eisbach, Andrzej Horodyski, Jan Alojzy Orchowski, Erazm Mycielski i Bartłomiej Szulecki, działało w większych miastach zaboru pruskiego oraz w Krakowie i paru innych miastach Galicji Zachodniej. Jego celem było „przywrócenie ojczyzny z rządem republikańsko-demokratycznym reprezentacyjnym” na wzór Republiki Francuskiej w jej potermidoriańskim kształcie. Kierownictwo TRP czyli Dozór Główny, postulowało uwolnienie chłopów i zniesienie przywilejów stanowych, lecz o ziemi nic nie wspominało. TRP prowadziło propagandę republikańsko niepodległościową, wywiad i szkolenie wojskowe oraz pomagało młodzieży, która udawała się pod legionowe sztandary. Powstanie ogólnokrajowe odkładano na czas, „kiedy okoliczności porę wskażą”, w praktyce do chwili uzyskania efektywnej pomocy wojskowej z Francji. Po 1800 roku, kiedy to władzę we Francji zagarnął Bonaparte (TRP odnosiło się doń niechętnie jako do likwidatora demokratycznej republiki) i nastąpiła przejściowa pacyfikacja Europy, Towarzystwo – nigdy nie wykryte – zawiesiło swą działalność.
TRP zasługuje na uwagę z jednego ważnego względu. Oto na samym początku epoki porozbiorowej przeczy swym programem i działalnością utrwalonej w świadomości Polaków i w historiografii błędnej tezie, że albo się szykowało niepodległościowe powstanie, albo pracowano pokojowo nad podniesieniem oświaty, kultury i gospodarki narodowej. TRP zobowiązywało swych członków do zbierania ksiąg i rękopisów „należących do historii i literatury narodowej”, nakazywało pogłębiać własną wiedzę oraz uczyć chłopów czytać i pisać, uznając, iż „jednym z najdzielniejszych środków do podźwignienia Polski będzie rozszerzenie światła”. Jak stwierdza program TRP „towarzystwo wspiera wszystkie użyteczne prace, dzieła i wynalazki”. nic więc dziwnego, że gdy zanikła działalność propowstańcza republikanów polskich, działacze TRP wzięli czynny udział w pracach Towarzystwa Przyjaciół Nauk, obserwując jednak bacznie sytuację międzynarodową, aby w korzystnym momencie wznowić działalność spiskową i powstańczą.