Równolegle z rozwojem małych państewek magnackich rósł wpływ ich właścicieli na bieg spraw politycznych w kraju. Klientela magnacka, rekrutująca się z drobnej i średniej szlachty, nie tylko służyła w chorągwiach nadwornych czy administracji latyfundialnej, lecz także broniła politycznych interesów swych mocodawców na sejmach i sejmikach. Nie jest więc rzeczą dziwną, że po pierwszym liberum veto (1652) nastąpiło torpedowanie sejmów nawet przed upływem sześciotygodniowej kadencji (1669). W 1688 roku doszło do tego, że sejm zerwano jeszcze przed elekcją marszałka, z więc przed formalnym ukonstytuowaniem się izby poselskiej. W sumie na czterdzieści cztery sejmy, zwołane w drugiej połowic XVII wieku, aż piętnaście nie zakończyło obrad, dwa zaś rozeszły się bez powzięcia jakichkolwiek uchwał. Najbardziej wiążące decyzje zapadały na sejmikach, gdzie coraz częściej decydujący głos należał do magnatów. Ale i one funkcjonowały coraz gorzej; od połowy XVII wieku zaczęto je zrywać, najczęściej na zlecenie konkurujących ze sobą stronnictw magnackich. Korupcja opanowała w dużym stopniu całe sądownictwo; aparat wymiaru sprawiedliwości Rzeczypospolitej szlacheckiej poddany był nieustannej presji magnackiej.
Rosnąca decentralizacja Rzeczypospolitej odbiła się także na systemie skarbowym. Dochody państwa uległy dalszemu obniżeniu; dołączył się do tego (po wojnach szwedzkich) kryzys monetarny, kiedy to wybicie niepełnowartościowych monet na sumę 20 milionów złotych wywołało powszechną dewaluację. W 1688 roku ustała działalność mennicy państwowej (wznowiono ją dopiero po elekcji Stanisława Augusta Poniatowskiego). Skarb państwa gwałtownie poszukiwał dochodów, znajdując je głównie w nowych podatkach. Wprowadzono między innymi tak zwaną hibernę; obowiązek utrzymywania wojska w okresie zimowym w dobrach królewskich i duchownych został mianowicie zamieniony |w połowie XVII wieku) na stały podatek, idący na potrzeby armii. Żołd był zresztą wypłacany żołnierzom i tak nader nieregularnie, co powodowało częste bunty wojska. Wystarcz}’ przypomnieć, że zaległości w żołdzie wynosiły w połowie XVII wieku 33 miliony złotych; do końca stulecia nie udało się wybrnąć z długów wobec armii. Potrzeby wojska miał zaspokajać również podatek pogłówny |od głowy ludności); to niepopularne wśród szlachty świadczenie zostało jednak dość szybko zlikwidowane na skutek oporu posłów.
Pustki w skarbie me mogły nie odbić się ujemnie na liczbie i wyposażeniu wojska. Nastąpił znaczny spadek możliwości mobilizacyjnych Rzeczypospolitej; w latach 1648-1660 zdobywano się maksymalnie na wystawienie 50 000 do 60 000 żołnierzy (z Korony i Litwy). Największa (aż do roku 1792) armia zaciężna Rzeczypospolitej liczyła 56 000 ludzi (1659). Nie udało się jej jednak utrzymać ze względów finansowych; po pokoju andruszowskim wojsko koronne uległo redukcji do 14 000, litewskie zaś do 6500 żołnierzy. Jak i w poprzednim okresie znaczny jego procent stanowiła kawaleria, w drugiej połowie XVII stulecia wzrosła jednak rola artylerii i piechoty. Oprócz husarii, która napawała takim strachem Szwedów i Turków, stworzono oddziały lekkozbrojnej kawalerii, bardziej zwrotne, a mniej kosztowne. Sobieski przeprowadził reformy w piechocie (między innymi uzbrojenia). Był pierwszym polskim dowódcą, który ostatecznie zrezygnował z użycia pospolitego ruszenia, zdając sobie sprawę z wątpliwej wartości militarnej tej formacji. Ten wojowniczy hetman, a później król, umiał także doprowadzić do współdziałania piechoty i artylerii, której znaczenie wykazał dobitnie najazd szwedzki. Ambicją fana III było stworzenie dużej armii zaciężnej, czemu systematycznie sprzeciwiała się szlachta w przekonaniu, że wojsko to posłuży do wzmocnienia władzy monarszej. Obawy te podsycał skład społeczny armii; w drugiej połowie XVII wieku zaczął bowiem w niej dominować element plebejski, i to nie tylko wśród żołnierzy, ale częściowo także i na stanowiskach dowódczych. Stosunkowo najwięcej szlachty służyło w husarii, piechota i dragonia składały się niemal wyłącznic z chłopów oraz biedoty miejskiej. W sumie plebejusze stanowili w drugiej połowie XVII wieku około 80 procent armii polskiej. Fakt, iż tak licznie zaciągali się oni do wojska, świadczył nie tyle o ich patriotyzmie, którego zresztą dali liczne dowody w czasie najazdu szwedzkiego, ile o ubożeniu miast polskich, gdzie coraz trudniej było o chleb i pracę.
Warszawa, Poznań czy Kraków straciły w latach „potopu” niemal połowę ludności; jeśli jednak stolica z racji swych funkcji miała szanse dość rychłej odbudowy, to Kraków przeżywał wyraźną degrengoladę. W warunkach ogólnego upadku gospodarczego kraju wiele małych miasteczek uległo daleko idącej agraryzacji, a ich zabudowa została zdewastowana. Próby ożywienia miast przez nadawanie im nowych przywilejów (między innymi na targi) nie przyniosły oczekiwanych rezultatów. Stosunkowo najkorzystniej przedstawiały się miasta magnackie, korzystające z opieki możnych. Nieźle jeszcze prosperował Gdańsk, bogacący się nadal na handlu tranzytowym.
Odbudowę miast najbardziej jednak utrudniał kryzys stosunków rolnych, związany z rozwojem gospodarki pańszczyźnianej. Ubożejący chłop zakupywał coraz mniej towarów, a szlachcic zaopatrywał się w potrzebne mu towary luksusowe u kupców zagranicznych lub w Gdańsku (przy okazji sprzedaży zboża). Sam zaś nie płacił cła od sprzedanych produktów, deklarując je jako pochodzące z własnego folwarku. Spadek siły nabywczej chłopstwa i uboższego mieszczaństwa odbijał się ujemnie na rozwoju licznych gałęzi rzemiosła (zwłaszcza sukiennego), a przesunięcie szlaków handlowych podkopywało znaczenie dróg tranzytowych wiodących przez Polskę. W ten sposób zostały osłabione dwa czynniki, od których zależała pomyślność ośrodków miejskich, mianowicie rzemiosło i wielki handel. Również i górnictwo uległo ogólnemu kryzysowi; zmniejszyło się wydobycie ołowiu, srebra i miedzi. Zbyt soli polskiej został zaś poważnie zagrożony przez sól zamorską lub przemycaną nielegalnie do kraju.
Rzeczpospolita XVII wieku ubożała więc coraz bardziej. Pod względem gospodarczym nie stanowiła ona jednak wyjątku w ówczesnej Europie; również w innych państwach występowały strefy słabo zagospodarowane i rzadko zaludnione (Hiszpania czy Portugalia) lub też wręcz wyniszczone wojnami i rabunkową gospodarką (Irlandia). Niektórzy badacze skłonni są wiązać gospodarcze zacofanie tych krajów z triumfem katolicyzmu na ich terenie.