Wojna ta od początku przybrała niekorzystny dla Rzeczypospolitej obrót. Karol X Gustaw, wykorzystując jako formalny pretekst używanie przez Jana Kazimierza tytułu króla Szwecji, zerwał rozejm sztumsdorfski (mający obowiązywać dwadzieścia sześć lat poczynając od roku 1635) i poprzez Brandenburgię uderzył w lecie 1655 roku na Wielkopolskę, a od północy na Litwę. Dwa główne powody skłoniły go do rozpoczęcia agresji. Pierwszym była militarna słabość Rzeczypospolitej, poświadczona dowodnie przebiegiem wojen kozackich. Nadzieję zyskownych zdobyczy kosztem słabej Polski podsycał Hieronim Radziejowski, zdrajca magnat, szukający w Sztokholmie schronienia po zatargu z Janem Kazimierzem. Drugi, chyba jeszcze ważniejszy powTód agresji to pragnienie powstrzymania groźnego dla Szwedów marszu Rosjan ku zachodowi oraz chęć całkowitego opanowania wszystkich portów i komór celnych nad Bałtykiem.
Radziejowski okazał się dobrym informatorem. Zdrada magnatów wielkopolskich, z Krzysztofem Opalińskim na czele, po nader słabym oporze wydała w ręce wroga tę żyzną prowincję (kapitulacja pod Ujściem w lipcu 1655 roku). W następnym miesiącu magnaci litewscy, przede wszystkim Janusz i Bogusław Radziwiłłowie, poszli za przykładem Opalińskiego, poddając w Kiejdanach Litwę Szwedom. Z jednej bowiem strony widzieli oni w Karolu Gustawie potencjalnego sojusznika w walce przeciwko Moskwie, który dopomoże odzyskać utracone na wschodzie obszary, z drugiej zaś marzyło im się samodzielne Wielkie Księstwo Litewskie pod niezbyt uciążliwym protektoratem dalekiej Szwecji.
Wszystko to warunkowało dalsze sukcesy skandynawskich najeźdźców. Niebawem padła nie stawiająca żadnego oporu Warszawa; po niej (w październiku) został zmuszony do kapitulacji Kraków, daremnie broniony przez Stefana Czarnieckiego. Znaczna część magnaterii oraz szlachty skapitulowała przed wrogiem; również wojsko koronne w większości przeszło na jego służbę. Wśród stronników Karola Gustawa nie brakowało dysydentów wiążących z osobą najeźdźcy nadzieję na przychylny dla nich zwrot w polityce wyznaniowej. Lwią część kolaborantów stanowili jednak katolicy, wśród których występowali nawet przedstawiciele wyższej hierarchii duchownej, jak to widzimy na Litwie. W konsekwencji takiej postawy społeczeństwa szlacheckiego w zaledwie trzy miesiące od chwili rozpoczęcia inwazji Jan Kazimierz był zmuszony do szukania schronienia na pozostającym we władaniu Habsburgów Śląsku. W Polsce przeważały wówczas glosy domagające się jego abdykacji; opustoszały tron miałby zająć zwycięski na polu bitwy Karol Gustaw.
Wspomnienie trwającej od dwóch pokoleń rywalizacji dynastii Wazów o koronę szwedzką sprawiało, iż pocieszano się myślą, że chodzi tu jedynie o zwykłą zmianę panującego. Istotne motywy, kierujące stronnikami szwedzkimi w Polsce, były jednak bardziej złożone; liczono bowiem na pomoc wojskową Karola Gustawa w walce o utracone na wschodzie tereny, sądząc, że osłabiona wieloletnimi wojnami Rzeczpospolita nie jest w stanie odzyskać ich na własną rękę, a tym bardziej prowadzić walki na dwa fronty, z których zachodni stanowili wypróbowani w bojach wojny trzydziestoletniej weterani.
Mieszczaństwo, chłopi czy uboższa szlachta niewiele jednak mieli do zyskania na protekcji szwedzkiej, natomiast najdotkliwiej odczuwali jej coraz bardziej nieznośny ciężar na co dzień. Rosnące z tygodnia na tydzień gwałty i grabieże, samowola soldateski, nie respektującej nawet glejtów wydawanych przez własne dowództwo, profanacja kościołów i natrząsanie się z uczuć religijnych katolickiej większości kraju – wszystko to budziło coraz powszechniejsze nastroje buntu i nienawiści. Uczucia tc znalazły ujście w powstaniu antyszwedzkim, jakie wybuchło późną jesienią 1655 roku. W działaniach wojennych wzięła przede wszystkim udział ta część wojsk koronnych, która nie poddała się najeźdźcy. Oficerowie zawodowi rozpoczęli na własną rękę organizację grup partyzanckich; przyłączyło się do nich mieszczaństwo i chłopi, nie brakło również patriotycznie usposobionej szlachty oraz tych wszystkich, którzy pozbawieni przez grabieżców domu i majątku niewiele już mieli do stracenia. Ponieważ stawienie czoła Szwedom w otwartym polu nie było na razie możliwe, rozpoczęto walkę podjazdowo -partyzancką, zwaną wówczas „wojną szarpaną”.
Ze Śląska król wygnaniec wzywał wszystkich Polaków bez różnicy stanu do walki z Karolem Gustawem oraz jego stronnikami; uniwersał monarszy (z 20 listopada 1655 roku) znalazł poparcie w manifeście konfederacji szlacheckiej, która zawiązała się pod koniec grudnia w Tyszowicach koło Tomaszowa Lubelskiego. Ogólne poruszenie wywołała zaś wiadomość o oblężeniu przez Szwedów klasztoru paulinów na Jasnej Górze, sanktuarium maryjnego, które słynęło cudami. Ta trwająca dwa miesiące (listopad-grudzień) operacja militarna przyniosła wojskom Karola Gustawa nie tylko kompromitację, ale stanowiła też poważny błąd, którego propaganda kontrreformacyjna i wtedy, i później nie omieszkała w pełni wykorzystać.
Jan Kazimierz, zachęcony sukcesami partyzantki antyszwedzkiej, powrócił do Polski w styczniu 1656 roku. Już nieco wcześniej rozpoczęło się stopniowe wyzwalanie okupowanych terytoriów. Zapoczątkowało je oswobodzenie (w grudniu 1655 roku) Nowego Sącza, który został zdobyty szturmem między innymi przez kilkutysięczny oddział chłopów. Aby zachęcić ich do dalszego udziału w walce, Jan Kazimierz przyrzekł w słynnych „ślubach lwowskich” (1 kwietnia 1656 roku) – w słowach co prawda nader ogólnikowych – że zatroszczy się o polepszenie doli ludu. śluby te odegrały istotną rolę w walkach, toczonych nadal w dużym stopniu systemem „wojny szarpanej”. W szczególnie umiejętny sposób umiał ją prowadzić Stefan Czarniecki, duże zdolności dowódcze wykazał również – niechlubnie zapisany w późniejszych dziejach Polski – Jerzy Lubomirski. 1 lipca 1656 roku udało się odbić Warszawę, w miesiąc później jednak stolica ponownie wpadła w ręce wroga. Podczas trzydniowej bitwy na polach Żerania i Pragi (28-30 lipca) wojska polskie zostały pokonane przez połączone siły szwedzko-brandenburskie.
Karol Gustaw bowiem, zorientowawszy się, że sam nie połknie polskiej zdobyczy, zwrócił się o pomoc do elektora brandenburskiego, przyrzekając mu w zamian nie tylko Warmię, lecz również Wielkopolską oraz uznanie pełnej suwerenności Prus Książęcych. Trzecim współrealizatorem projektu rozbioru Polski miał być książę Jerzy II Rakoczy, którego wojska wtargnęły na początku 1657 roku na ziemie Rzeczypospolitej. Ale i dyplomacja polska zakrzątnęła się wokół nowych sojuszników, znajdując ich naturalną koleją rzeczy w odwiecznych rywalach Szwecji, mianowicie w Rosji (wspomniany już rozejm z listopada 1656 roku) i Danii. Udało się również Polsce oderwać elektora (Fryderyka Wilhelma) od sojuszu ze Szwecją, choć za dość wygórowaną cenę zrzeczenia się przez Polskę zwierzchnictwa nad Prusami Książęcymi oraz oddania mu w lenno Lęborka i Bytowa, które w ten sposób zostały dla Rzeczypospolitej stracone. Tym kosztem zyskiwano bardzo niepewnego i fałszywego sojusznika (traktaty welawsko-bydgoskie z września i listopada 1657 roku). Posiłki wojskowe przybyły również z Austrii, a Jerzy Lubomirski – w odwet za najazd Rakoczego – spustoszył mu Siedmiogród. Ostatecznie książę, pozbawiony wsparcia Karola Gustawa, który w czerwcu 1657 roku opuścił Polskę (pozostawiając tylko garnizony w niektórych miastach), skapitulował. Wałki przeniosły się na teren Danii i Pomorza Zachodniego, dokąd na czele korpusu wojska pospieszył z pomocą Czarniecki. Znaczna część tej prowincji należała (na mocy pokoju westfalskiego z 1648 roku) do Brandenburgii, poza terytoriami przybrzeżnymi (z ujściem Odry i Szczecinem), które pozostały przy Szwecji.