Po klęsce insurekcji wielu patriotycznych działaczy politycznych udało się na emigrację. Głównym ośrodkiem wychodźstwa stał się Paryż. Działacze umiarkowani skupili się wokół dawnej Agencji insurekcyjnej, kierowanej przez Barssa i Wybickiego, natomiast nawiązująca do idei jakobinów polskich lewica emigracyjna zebrała się wokół utworzonej w 1795 roku Deputacji Polskiej (przywódcy: Jan Dembowski, Józef Mejer, Piotr Maleszewski, Józef Pawlikowski). Zbliżony do środowiska deputacji był Kościuszko, który w 1798 roku przybył z USA do Paryża. Agencja i Deputacja były skłócone, inną też miały wizję odrodzonej Rzeczypospolitej, jednak obie liczyły na pomoc republikańskiej Francji. Dyrektoriat tymczasem nie myślał, mimo obietnic i wyrazów sympatii, o udzieleniu Polsce realnej pomocy. Z Prusami Francja od 1795 roku nie walczyła, a z Austrią chciała jak najszybciej zawrzeć pokój. O ten pokój, oczywiście zwycięski, walczył we Włoszech, i to na wpół samodzielnie, genialny dowódca, młody generał Napoleon Bonaparte. Oddziały francuskie wzięły w północnej Italii do niewoli około 8000 Polaków, żołnierzy austriackich. Można było z nich utworzyć u boku Francuzów polskie wojsko. Tak też przedstawił sprawę dowódcy Armee d’Italie związany z Agencją generał Jan Henryk Dąbrowski, którego Dyrektoriat skierował do Mediolanu. Bonaparte potrzebował żołnierzy, zgodził się więc chętnie na powołanie polskich formacji przy rządzie zależnej od Francji, „siostrzanej” Republiki Lombardzkiej.
9 stycznia 1797 roku Dąbrowski podpisał umowę z Administracją Generalną Republiki Lombardzkiej w sprawie utworzenia posiłkowego Legionu Polskiego. Legioniści nosili mundury zbliżone do uniformów wojska polskiego (na ramieniu widniał napis: „ludzie wolni są braćmi”). Szlify miały barwy włoskie, czapki zaś zdobiła trójkolorowa kokarda francuska. W ciągu kilku miesięcy Dąbrowski utworzył legion liczący prawie 4000 żołnierzy [w późniejszych latach zwiększył się do około 7000 ludzi). Szeregowcy byli w znacznej większości chłopami, oficerami zaś szlachcice i mieszczanie, zarówno emigranci, jak ochotnicy przybyli potajemnie z kraju.
Wojsko legionowe owiane było duchem patriotycznym. Wyrażając nadzieję na rychłe wyzwolenie Polski z bronią w ręku (liczono na powrót przez Austrię i Morawy do kraju), Wybicki ułożył w lipcu 1797 roku Pieśń Legionów Polskich we Włoszech, znaną jako Mazurek Dąbrowskiego. Żołnierska piosenka głosiła: „Jeszcze Polska nie umarła, kiedy my żyjemy”, zapowiadając: „Przejdziem Wisłę, przejdziem Wartę, będziem Polakami”.
Legiony były wychowane w tradycji republikańskiej armii francuskiej i wojska insurekcji. Kar cielesnych tam nie stosowano, stosunki zaś między oficerami, często myślącymi po jakobińsku, a szeregowcami cechowały prostota i braterstwo. Oficerów wybierano, a podoficerowie uczestniczyli w podejmowaniu decyzji o charakterze administracyjno-wojskowym. Żołnierze analfabeci pobierali naukę czytania i pisania. Wydawano dla nich pisemko „Dekada Legionów”, redagowane przez poetę-żołnierza Cypriana Godebskiego, prowadzono też pogadanki na tematy obywatelskie. Opowiadano wiele o naczelniku, który wprawdzie Legionom patronował, lecz – niechętny Bonapartemu – nie zajmował się zbytnio ich sprawami.
Krótkotrwały pokój zawarty przez Francję z Austrią (październik 1797 roku) zawiódł nadzieje Polaków, lecz nie położył kresu dziejom legionowym. Legioniści wzięli chlubny udział w wojnach Republiki Francuskiej. W latach 1798-1801 Legiony, podzielone na legie (pułki), a później półbrygady, biły się u boku armii francuskiej i oddziałów państewek włoskich zależnych od Francji. Polacy zdobyli Rzym i Neapol, bronili Mantui i wykrwawili się nad Trebbią (1799) w bitwie z wojskami rosyjsko-austriackimi, dowodzonymi przez Suworowa. Sprawujący komendę nad nowo powstała Legią Naddunajską generał Karol Kniaziewicz walnie się przyczynił do zwycięstwa nad Austriakami pod Hohenlinden (1800).
Żołnierz legionowy wsławił się odwagą, bil się jednak nic tylko z wojskami zaborców. Likwidował feudalne państewka, zakładał republiki, lecz również walczył przeciw chłopskim powstańcom i wraz z Francuzami łupił Italię. Niektórzy legioniści, używani wszak w obcej służbie do celów represyjno-policyjnych, nabierali cech zawodowych żołnierzy najemnych.
Zawarcie w Lunćville pokoju między Francją a Austrią (1801) było końcem marzeń legionistów o powrocie do wolnej Polski, ogromnym szokiem i zawodem. Wielu oficerów demonstracyjnie podawało się do dymisji. Niektórzy, złorzecząc niewdzięcznemu Bonapartemu, powracali do kraju. Inni wiązali się z jakobińską opozycją przeciw dyktaturze Pierwszego Konsula.
Bonaparte pozbył się niewygodnych w pokojowej Europie legionistów, wysyłając dwie z istniejących trzech półbrygad na San Domingo (Haiti) do dawnej kolonii francuskiej, w której wyzwoleni Murzyni zbudowali na wpół niezawisłe państwo. Francuska karna ekspedycja miała przywrócić zarazem władzę kolonialną i niewolnictwo. Wojna na wyspie (1802-1803) była krwawa i okrutna. Wielu żołnierzy umierało na żółtą febrę, w ich liczbie i Polacy. Legioniści niechętnie bili się z walczącymi o wolność Murzynami. Część żołnierzy polskich poddała się lub przeszła na stronę powstańców, a po proklamowaniu niepodległości Haiti (1804) pozostała na wyspie (około 400 osób). San Domingo stało się grobem Legionów. Z 6000 wysłanych tam ludzi zaledwie około 300 powróciło do Europy. Epopeja legionowa dobiegała smutnego końca, choć resztki polskich żołnierzy biły się w północnych Włoszech z Austriakami (1805), a z Neapolitańczykami i Anglikami w południowej Italii (1806). Pozostała gorycz i żal do Francuzów. Po 1800, a zwłaszcza po 1803 roku nastroje antyfrancuskie przeważały wśród patriotów polskich w kraju i na emigracji. Nieliczni tylko wciąż wierzyli, że Napoleon, od 1804 roku cesarz Francuzów, odbuduje niepodległą Polskę.
Złudzeń tych nie podzielał Kościuszko, który nakłonił i zainspirował Józefa Pawlikowskiego do napisania broszurki „Czy Polacy mogą się wybić na niepodległość?” (1800). Teza główna tego swoistego manifestu była następująca: na obcych liczyć nie trzeba, naród sam, o własnych siłach, na drodze insurekcji, dającej chłopom wolność i tworzącej ludową armię uzbrojoną w kosy osadzone na sztorc, może odzyskać niepodległość. Broszura nie miała większego oddźwięku. Nawiążą do niej polscy radykalni patrioci dopiero znacznie później.
Mimo wszystko krew legionistów nie poszła na marne. Legiony, przez których szeregi przeszło około 30 000 ludzi, w większości chłopów, pobudziły do patriotycznego czynu wielu Polaków, niosły trudną nadzieję, uczyły demokratyzmu, oświecały, kazały myśleć o reformach społecznych, stały się dla wielu chłopów i mieszczan cenną szkołą obywatelską, dostarczyły kadry wojskowej i po części administracyjnej Księstwu Warszawskiemu. Jednakże zaszczepiały kult wodza, przekonanie o nadrzędności armii w społeczeństwie, kazały nadmiernie liczyć na obcych, którzy wszak powodowali się, co naturalne, swoimi interesami narodowymi.