Kryzys polityczny Rzeczypospolitej znalazł odbicie także i w dziedzinie stosunków wyznaniowych. Postępy reformacji w Polsce zostały zahamowane już w latach sześćdziesiątych XVI wieku. Szlachta różnowiercza, uzyskawszy realizację swych zasadniczych postulatów (zniesienie egzekucji sądów duchownych przez władze świeckie, udział kleru katolickiego w świadczeniach na obronę państwa), zaczęła powracać masowo na łono Kościoła. Katolicyzm, który przez cały czas zachował stanowisko religii panującej, imponował jej zwartością, wpływami politycznymi, potęgą materialną. Ostentacyjnie pustym ścianom zborowym przeciwstawiano pyszny wystrój wnętrz barokowych kościołów, zracjonalizowanej wierze protestantów – działające na wyobraźnię procesje i pielgrzymki, kult cudownych obrazów oraz relikwii. Zwłaszcza jezuici wyznawali zasadę, że do duszy najłatwiej jest dotrzeć poprzez oczy. Zakon ten, sprowadzony do Polski w 1564 roku, rychło wysunął się na czoło działalności kontrreformacyjnei. Dzięki swej energii, umiejętnemu doborowi członków, usadowieniu się na dworze królewskim oraz w licznych rezydencjach magnackich – jezuici uzyskali znaczny wpływ’ na warstwę rządzącą. Katolicyzm umacniał jej jedność wewnętrzną; przejście na to wyznanie (niemal z reguły w obrządku łacińskimi stanowiło zazwyczaj ważki etap w polonizacji szlachty ruskiej, białoruskiej czy nawet litewskiej. Na rozwój rodzimej sztuki i literatury kontrreformacja odpowiedziała nacjonalizacją kultury religijnej, postulatom Kościoła narodowego przeciwstawiała dalsze unarodowienie katolicyzmu, który w ciągu XVII wieku stal się bardziej rodzimy niż przez kilka poprzednich stuleci. Postaciom z jasełek i szopek, życiorysom świętych polskich, wyobrażeniom o życiu pozagrobowym – wszystkiemu nadawano koloryt lokalny, oparty na utrwalonych od pokoleń przyzwyczajeniach i pojęciach. Coraz większą rolę zaczął odgrywać kult maryjny oraz związana z nim dewocja. Opiekunkę państwa i strażniczkę wolności stanowych widziała w Najświętszej Marii Pannie także i znaczna część różnowierczej szlachty. Co więcej, propaganda katolicka stale podkreślała walory społeczne tej doktryny,- protestant zaś był ukazywany jako przeciwnik nie tylko Kościoła rzymskiego, ale i panującego w Polsce ustroju. Pragnął on go podkopać od wewnątrz, jako istota z natury swej buntownicza, poza granicami państwa zaś konspirował z „heretyckimi” wrogami Rzeczypospolitej.
Powodzeniu tego typu propagandy sprzyjał fakt, że szykanowani w ojczyźnie różnowiercy coraz częściej zaczynali się oglądać na pomoc współwyznawców z innych krajów Europy. Polska zaś była otoczona przez państwa, w których panowały odmienne wyznania, że wymienimy luterańskie Prusy i Szwecję, prawosławną Rosję, kalwiński Siedmiogród czy wreszcie mahometańską Turcję. W roli przeciwników Rzeczypospolitej występowały więc w XVII wieku wyłącznie wojska niekatolickich władców, a obrona terytorium kraju przed wrogami zaczynała się pokrywać z obroną wiary. Sytuacja geograficzna stanowiła podatny teren triumfu wizji Polski jako przedmurza nie tyle chrześcijaństwa, ile – ściślej mówiąc – katolicyzmu. Od bitwy pod Chocimiem (1621) nastąpił wręcz lawinowy przyrost wypowiedzi na ten temat. Znajdowały one wdzięczne echo za granicą, od której „polskie przedmurze” domagało się z tej właśnie racji pomocy wojskowej i materialnej.
Wszystko to sprzyjało postępom kontrreformacji; hamowało je natomiast w pierwszym okresie (do początków XVII wieku) wysuwanie przez jej przedstawicieli (zwłaszcza jezuitów) niepopularnych wśród szlachty koncepcji społeczno- -politycznych. Oparte na modelu absolutyzmu habsburskiego, zakładały one znaczne wzmocnienie władzy królewskiej, zmianę monarchii obieralnej na dziedziczną, przekształcenie istniejącej administracji szlacheckiej w sprawne narzędzie władzy centralnej. W okresie kolejnych wolnych elekcji obóz katolicki popierał zaś głównie niepopularnych w Polsce Habsburgów, którzy w oczach szlachty byli despotami. Również i społeczny program kontrreformacji nie mógł znaleźć uznania właścicieli folwarków. Zakładał on poprawę doli chłopskiej oraz zapewnienie wszystkim plebejuszom ochrony prawnej państwa przed samowolą ze strony panów. O ile w drugiej połowic XVI wieku ograniczano się w zasadzie do ogólnikowych ubolewań nad dolą chłopa, o tyle w początkach następnego stulecia szermierze kontrreformacji wystąpili z konkretnymi projektami reform w tym zakresie. Mateusz Bembus i Marcin Śmiglecki postulowali mianowicie ograniczenie wymiaru pańszczyzny, niepodwyższanie czynszów i należności, a przy tym – co ważniejsze – zapewnienie chłopu prawa wolnego odejścia ze wsi.
Problemy ustrojowe (polityczne i społeczne) stanowiły jednak dla Kościoła kwestię w gruncie rzeczy drugorzędną. Poparcie, jakie okazywał planom wzmocnienia władzy monarszej w Polsce, wynikało przede wszystkim z faktu, ze królowie elekcyjni byli katolikami, wśród szlachty natomiast wodzili rej różnowiercy. Stąd też każde rozszerzenie władzy monarszej stanowiłoby zarazem wzmocnienie potęgi politycznej strony katolickiej; uszczuplenie przywilejów stanowych szlachty musiałoby pociągnąć za sobą również i ograniczenie swobód religijnych tej warstwy. Dopiero w trakcie rokoszu Zebrzydowskiego sfery kierownicze kontrreformacji przekonały się ostatecznie o nierealności tych planów, co więcej, uświadomiły sobie, że popieranie ich skłania nawet tak zagorzałych katolików jak Zebrzydowski do łączenia się z „heretykami”. Odtąd też zaczęło się sławienie przez kler, przynajmniej oficjalnie, „złotej wolności” szlacheckiej; z książek i kazań znikły częściowo akcenty krytyki pod adresem panujących w Rzeczypospolitej stosunków |w tym duchu zostały między innymi ocenzurowane „Kazania sejmowe” Skargi).
W miarę słabnięcia władzy monarszej oraz decentralizacji państwa wzrastała rola organizacji kościelnej, rozciągającej się na cale terytorium Rzeczypospolitej. Rosła też władza biskupów oraz ich kontrola nad klerem. Wywodzący się w znacznej większości z magnaterii, podzielali zazwyczaj sympatie polityczne swoich rodów. Stąd też w polityce wewnętrznej państwa episkopat rzadko kiedy zajmował jednolite stanowisko. W polityce zaś papiestwa Polska stawała się stopniowo przedmiotem, a me podmiotem.
Równocześnie jednak kontrreformacja musiała się liczyć ze specyfiką polskich stosunków wyznaniowych; szeroka tolerancja religijna, zagwarantowana w konfederacji warszawskiej, nie pozwalała na używanie gwałtownych metod w stosunku do szlachty. Mniej już krępowano się chłopów, wobec których zarówno panowie katoliccy, jak i protestanccy stosowali przymus wyznaniowy. Podobnie postępowano niekiedy i w miastach prywatnych oraz królewskich, gdzie monarcha korzystał z takich samych praw jak każdy pan feudalny wobec swoich poddanych. W wielkich ośrodkach miejskich Korony inspirowane przez kler pogromy zniszczyły na przełomie XVI i XVII wieku ostatnie zbory różnowiercze (Kraków 1591, Poznań 1616, Lublin 1627).