Podczas operacji Bonapartego na południe od Kairu flota angielska przetransportowała pod egipski Abukire 16-tysięczny oddział turecki pod dowództwem Mustafy Paszy. Po zdobyciu fortu Abukir Turcy nie poszli dalej, ale umocnili swoje pozycje na półwyspie. Wiedząc o braku możliwości sprowadzenia do nich posiłków Bonaparte zdecydował się na natychmiastową próbę zdobycia Abukiru, mimo że mógł zgromadzić tylko 6000 ludzi.
Pozycja turecka składała się z dwóch linii ufortyfikowanych, z których pierwsza opierała się na obu flankach na fortyfikacje położone na brzegu morza. Rankiem 25 lipca 1799 roku Bonaparte wysłał Lannesa i Destenga z 1800 ludźmi w objęcie linii obronnej wzdłuż wybrzeża. Kiedy uwaga wroga została odwrócona, Murat z kawalerią przedarł się przez środek i zaatakował flanki od tyłu. Turcy uciekli, a ich straty w zabitych i utopionych w morzu były bardzo duże.
Bonaparte postanowił natychmiast zaatakować drugą linię umocnień, przed którą znajdowała się wioska Abukir, a której centrum opierało się na silnej reducie. Ponownie postanowiono odwrócić uwagę Turków demonstracjami na flankach w celu przebicia się przez ich środek. Lannes, przy wsparciu artylerii i kawalerii Murata, był w stanie przedrzeć się wzdłuż wybrzeża na obszar, na którym znajdowali się Turcy, a Francuzom udało się przejąć wioskę Aboukir. Turcy wycofali się do reduty położonej na płaskim wzgórzu. Kilka prób Murata dalszego ruchu wzdłuż wybrzeża nie powiodły się z powodu silnego ognia krzyżowego Turków z reduty i kanonierek. Francuskie ataki na prawą flankę i środek również zakończyły się niepowodzeniem; Francuzi wprawdzie dotarli pod same fortyfikacje, ale na skutek śmiercionośnego ognia Turków zostali zmuszeni do odwrotu do wsi.
Turcy, chcąc zająć wioskę, przeszli do ofensywy, co dało Francuzom okazję do błyskotliwego ataku. Bonaparte skierował wszystkie swoje siły do szturmu, a on sam poprowadził swoje wojska do ataku. Fortyfikacje zostały zdobyte i tylko nielicznej garstce Turków udało się schronić w zamku. Mustafa Pasza został wzięty do niewoli przez Murata. To błyskotliwe zwycięstwo kosztowało zwycięzcę 900 zabitych i rannych, ale tym razem zagrożenie francuskich rządów w Egipcie zostało wyeliminowane. Osiem dni po bitwie pod Abukir poddał się również zamek.