Szlachta była w Polsce wyjątkowo liczną warstwą, stanowiącą 8 do 10 procent ludności Korony (z czego znaczna część mieszkała na Mazowszu). Dość wcześnie uzyskała samorząd terytorialny, wyrażający się w sejmikach; ich rola w drugiej połowie XV wieku coraz bardziej wzrastała. U schyłku XV wieku, a więc za rządów fana Olbrachta, doszło do powołania sejmu walnego (pierwsza konstytucja zachowała się z roku 1493). Składał się on z senatu oraz izby poselskiej. Do izby wchodziło ponad czterdziestu przedstawicieli szlachty (zazwyczaj po dwóch z każdej ziemi czy województwa). O ile izbę poselską uformowali przedstawiciele sejmików, o tyle senat powstał w wyniku dość skomplikowanej ewolucji z dawnej rady królewskiej. Każdorazowej zgody posłów wymagało zwoływanie pospolitego ruszenia, wydawanie ustaw dotyczących szlachty, wreszcie nakładanie podatków nadzwyczajnych, takich jak łanowe (od ilości posiadanego gruntu), szos (podatek od nieruchomości płacony przez mieszczan), czopowe jod napojów) czy subsidium charitativum, uiszczane przez kler. Do podatków zwyczajnych należały opłaty celne oraz portowe, płynące z Gdańska i Elbląga (a później i z Rygi). Powstały z inicjatywy królewskiej parlament był niejako usankcjonowaniem zwycięstwa, które średnia szlachta odniosła nad magnaterią. Ta jednak, niechętna szerokim kompetencjom izby poselskiej, bynajmniej nic zrezygnowała z walki o władzę w państwie.
Wzajemny konflikt zaostrzył się pod berłem Aleksandra, wielkiego księcia Litwy, który objął tron polski po śmierci Jana Olbrachta (1501). Pociągnęło to za sobą odnowienie unii polsko-litewskiej. Wyniesiony przez magnaterię (głównie małopolską), musiał zapłacić tej warstwie przywilejem mielnickim (1501), oddającym całą władzę w ręce senatu, (ego członkowie mogli wypowiedzieć posłuszeństwo władcy, jeśli tylko naruszył magnackie przywileje, sami zaś odpowiadali wyłącznic przed sądem senatu. Uchwala mielnicka, nic zatwierdzona przez Litwę, w praktyce nie weszła w życie. Niebawem (1504) sejm uchwalił zakaz kumulacji wysokich urzędów (zarówno świeckich, jak i duchownych). Król miał odtąd prawo nadawać dobra koronne wyłącznie za zgodą i wiedzą senatu. Było to dotkliwe uderzenie w gospodarczą i polityczną potęgę starej magnaterii. Niewątpliwy sukces szlachecki w tej walce stanowiło uchwalenie na sejmie radomskim (1505) konstytucji nihil novi, zakazującej monarsze ograniczania istniejących swobód tego stanu, wydawania nowych ustaw, nakładania podatków bez zgody sejmu. Konstytucja uściślała równocześnie kompetencje sądów duchownych i świeckich oraz sankcjonowała istnienie dwuizbowego, magnacko-szlacheckiego parlamentu.
Zygmunt I daremnie starał się omijać te postanowienia; jego opieranie się na magnaterii wywołało jedynie zrozumiałe skądinąd niezadowolenie wśród szlachty. Do wzrostu nastrojów opozycyjnych wobec dworu przyczyniła się również polityka drugiej żony króla, poślubionej w roku 1518 księżniczki włoskiej Bony Sforzy, notabene krewnej cesarza Maksymiliana I. Czerpiąc z włoskiej praktyki wzory niezbyt pasujące do polskiej rzeczywistości, królowa dążyła za wszelką cenę i przy użyciu bardzo różnych środków do wzmocnienia władzy monarszej. Tworzona przez Bonę – między innymi poprzez nominacje jej zauszników (często ludzi o wątpliwej wartości moralnej na różne urzędy duchowne i świeckie – grupa polityczna zdobyła pewne wpływy w sejmach i sejmikach. Równocześnie jednak, ze względu zarówno na metody jak cele, zyskała sobie nienawiść mas szlacheckich oraz rządzącej dotąd państwem starej magnaterii. Niefortunnym pociągnięciem okazała się między innymi elekcja (a następnie koronacja) dziewięcioletniego wówczas Zygmunta Augusta na tron litewski i polski (1529). Koronę i tak miał w przyszłości zapewnioną, naruszenie obowiązujących zasad ustrojowych dolało natomiast przysłowiowej oliwy do ognia. Istniejący ferment znalazł ujście w tak zwanej wojnie kokoszej (1537), kiedy to zgromadzona na pospolite ruszenie szlachta odmówiła wyprawienia się spod Lwowa ku Mołdawii. W trakcie pierwszego w dziejach Polski rokoszu nie doszło wprawdzie do starć zbrojnych, a jedyną ofiarą padło okoliczne ptactwo domowe (stąd nazwa ruchu), król ugiął się jednak pod ciężarem formułowanych wówczas zarzutów i poszedł na faktyczny kompromis. Przywódcy rokoszu pozostali nie ukarani, dwór zaś zrezygnował z przeprowadzania poważniejszych reform. Obóz średniej szlachty raz jeszcze wziął górę nad tronem oraz popierającą go częścią magnaterii.