Znacznie poważniejsze skutki od najazdów mongolskich w XIII w. miało pojawienie się w Polsce rycerskiego Zakonu Szpitala Najświętszej Marii Panny Domu Niemieckiego w Jerozolimie, zwanego popularnie krzyżackim. Założony w Ziemi Świętej w XII wieku, podobnie jak inne tego typu instytucje stwarzał możliwości kariery młodszym synom rycerskim, zubożałym właścicielom ziemskim i poszukiwaczom majątków. Wiązało się to z przemianami społeczno-gospodarczymi w Europie Zachodniej. Rozwój miast i gospodarki towarowo-pieniężnej szedł tam w parze z reorganizacją wielkiej własności ziemskiej, co spowodowało problem względnego przeludnienia; pojawili się i chłopi nie mający ziemi, i rycerze pozbawieni włości. Zakon rycerski gwarantował im stosunkowo wysoki standard życiowy, znaczące miejsce w hierarchii społecznej, możliwości zapewnienia pomocy rodzinom.
Nie bez znaczenia była tu ideologia rycerska, ukazująca wyższe cele walki o wiarę, i wykształcony wówczas kanon moralny.
Przybycie Krzyżaków do Polski wiązało się też z różnymi wydarzeniami politycznymi. Królestwo Jerozolimskie chyliło się ku upadkowi, próba stworzenia władztwa terytorialnego na Węgrzech nie powiodła się i rycerze niemieccy zaczęli szukać obszaru, na którym mogliby prowadzić dalszą działalność.
Jednocześnie w drugiej połowie XII i na początku XIII wieku nastąpił szybki rozwój plemion bałtyjskich. Zamieszkujące kilka terytoriów (między’ innymi Warmię, Pomeranię, Sambię, Sudowię, czyli Jaćwież, dalej na północy Żmudź i Auksztotę, tworzące zalążek Litwy), wchodziły w okres ekspansji militarnej, zapewniającej ich możnym wyższy standard życiowy. Szczególnie Mazowsze było narażone na najazdy Bałtów, które dla tej dzielnicy okazały się katastrofalne. Na początku XIII wieku utraciła ona obszary między Drwęcą, Wisłą i Kwisą (ziemia chełmińska). Granica północna osadnictwa słowiańskiego cofnęła się na południe o mniej więcej 100 kilometrów, gdy zniszczone zostały takie grody, jak Szreńsk, Grudusk, Stupsk. Ciągłe najazdy Jaćwieży i Litwinów z północnego wschodu powodowały utratę rozległych terytoriów (kasztelanii święckiej) i zniszczenia sięgające Płocka, Łęczycy, Jazdowa, a nawet obszarów wschodniej Wielkopolski.
W latach 1225-1226 Konrad Mazowiecki zaproponował Krzyżakom przybycie na granicę pruską. Już w 1230 roku pojawili się oni na ziemi chełmińskiej, chrystianizowanej przez cystersa z Łekna, biskupa Chrystiana. Krzyżacy postarali się, by cesarz Fryderyk II rozszerzył ich pierwotne uprawnienia, nadane przez Konrada, uwięzili Chrystiana i rozpoczęli podbój ziem pruskich. Z pomocą przychodziły im liczne grupy rycerzy z różnych krajów niemieckich, z Niderlandów, Francji, Anglii, Czech, Wioch i Polski. Wojna z poganami traktowana była przez nich jako okazja do zdobycia łupu i realizacji celu wyższego – walki o wiarę. Skuteczność działań zakonu wynikała też z przyswojenia sobie najnowszych zdobyczy sztuki wojennej.
Wyprawy krzyżackie posuwały się wzdłuż Wisły do wybrzeża Bałtyku, mając cały czas zapewnioną łączność i ewentualną pomoc z krajów zachodnich, budując nowe i fortyfikując stare grody. Kolejność podboju wyznaczają daty zakładania miast i nadawania im prawa miejskiego. W 1233 roku lokowane zostały Toruń i Chełmno, w 1234 – Kwidzyń, w 1237 – Elbląg, 1254 – Kłajpeda, w 1255 – Królewiec. Po ostatnim zrywie Prusów w latach osiemdziesiątych XIII wieku całe ich terytorium stało się władztwem zakonu, silnym, prowadzącym zaborczą politykę.
Ekspansja terytorialna Niemców szła w parze z ekspansją gospodarczą. W latach dwudziestych XIII wieku książęta Rzeszy złamali hegemonię Danii na Morzu Bałtyckim. Wraz z niemieckimi kolonistami pojawiły się nowe formy działalności gospodarczej, opartej na samorządnych gminach miejskich i wielkim handlu tranzytowym, w pierwszym okresie zbożowym, futrzanym i rybnym. Już w latach czterdziestych XIII wieku pierwsze związki międzymiejskie dały początek Hanzie niemieckiej, potężnej konfederacji różnych miast, decydującej o kierunkach działalności gospodarczej na obszarze całej północnej Europy.