Niespełna półroczne rządy Walezego stanowiły epizod bez większego znaczenia. Nowy władca przekroczył granice Rzeczypospolitej 24 stycznia 1574 roku, witany wszędzie w sposób nader uroczysty. Opuścił natomiast królestwo potajemnie, wyjeżdżając z Wawelu nocą z 18 na 19 czerwca tegoż roku. Henryk pospieszył do Paryża, aby objąć tron po śmierci brata. Pozostawił po sobie złą sławę wiarołomcy; odtąd w świadomości politycznej obrażonej szlachty zakorzenił się „kompleks ucieczki władcy”, który miał tak bardzo zaciążyć na jej stosunku do Zygmunta III Wazy. Mimo to – ze względu na napływające z Paryża obietnice powrotu – z oficjalnym ogłoszeniem kolejnego bezkrólewia czekano aż do 1575 roku.
Najpoważniejszymi kontrkandydatami do polskiej korony byli tym razem sam cesarz Maksymilian II – popierany przez magnaterię litewską i większość senatorów koronnych, szczególnie duchownych – oraz książę siedmiogrodzki Stefan Batory. Ten z kolei, znany jako wybitny wódz i polityk, cieszył się poparciem znacznej części szlachty, nienawidzącej Habsburgów. Ponieważ nie osiągnięto kompromisu, w grudniu 1575 roku doszło |w odstępie trzydniowym) do równoczesnej elekcji obu kandydatów. Groźbę połączonej z obcą interwencją wojny domowej, która w tych warunkach wydawała się nieuchronna, usunęła niespodziewana śmierć Maksymiliana. Jego stronnicy opowiedzieli się teraz w większości za Batorym oraz Anną Jagiellonką, która została małżonką nowego władcy.
Gdańsk nie uznał tej elekcji i panowanie Stefana I rozpoczęło się pod znakiem wojny z krnąbrnym miastem. Chciało ono doprowadzić do likwidacji ograniczeń, jakie największemu portowi Rzeczypospolitej narzuciły wspomniane już „statuty Karnkowskiego”. Ostatecznie Gdańskowi udało się doprowadzić do ich uchylenia. Zanim to jednak nastąpiło, musiał przeprosić króla oraz zapłacić znaczną kontrybucję (200 000 guldenów), która niemal w całości posłużyła Batoremu na wojnę z Moskwą. Na ten sam cel poszły też pieniądze uzyskane od margrabiego z Ans- bach, Jerzego Fryderyka; w zamian król i senat wyraziły zgodę, aby objął on kuratelę nad podejrzewanym o chorobę umysłową księciem pruskim Albrechtem Fryderykiem. W ten sposób otwierano bocznej linii Hohenzollernów drogę do Prus Książęcych.
Zarówno ustępstwa wobec Hohenzollernów, jak kompromis z Gdańskiem, nie odpowiadający „godności wielkiego państwa i dzielnego króla” (Władysław Konopczyński), wiązały się z przygotowaniami Batorego do wojny o Inflanty. Z myślą o niej król doprowadził na sejmie 1578 roku do powołania tak zwanej piechoty wybranieckiej, rekrutowanej spośród poddanych w dobrach monarszych (jeden kmieć z dwudziestu łanów). Rozbudowano także kawalerię, przezbrojono piechotę na wzór węgierski i utworzono oddziały inżynieryjne. Wojska te miały stawić czoło całej armii Iwana IV Groźnego, który w roku 1577 zajął znaczną część polskich Inflant (z wyjątkiem Rewia i Rygi), docierając aż do Dźwiny. Już w następnym roku król zdołał odzyskać znaczną część tych terenów; lata 1579-1580 przeniosły działania wojenne na teren państwa moskiewskiego, gdzie Batoremu udało się zdobyć Połock i Wielkie Łuki. W roku 1581 wojska polsko-litewsko-węgierskie przystąpiły do oblegania najpotężniejszej z twierdz, jaką stanowił Psków. Przewlekające się oblężenie skłoniło króla do pertraktacji, za którymi orędował również wysłannik papieski (Antonio Possevino). Od dawna była do nich gotowa strona rosyjska, świadoma poniesionych klęsk oraz swej politycznej izolacji i w tym samym czasie uderzyli na Moskwę od północy Szwedzi). Rokowania dość szybko doprowadziły do zawarcia w Jamie Zapolskim dziesięcioletniego rozejmu pomiędzy państwem moskiewskim a Rzecząpospolitą.
Inflanckie sukcesy nie zaspokoiły ambicji Stefana Batorego, który zamierzał z kolei zwrócić się przeciwko Turcji, aby w ten sposób wyzwolić spod jarzma Wysokiej Porty swą węgierską ojczyznę. Całkowite militarne i polityczne podporządkowanie Rosji miało stanowić niezbędny etap na drodze do realizacji tych równie ambitnych, co mało realnych planów. Niespodziewana śmierć króla (grudzień 1586 roku) położyła kres pospiesznym przygotowaniom do nowej kampanii przeciwko Moskwie. Wojna, a jeszcze bardziej zamiar marszu na Bałkany nic znajdowały zrozumienia u szlachty.
Dość szybko stygł entuzjazm, z jakim przyjęła ona obiór Siedmiogrodzianina. Nie bez winy był i sam król, nie bardzo umiejący nawiązać współpracę z sejmem, od którego oczekiwał tylko uchwalenia podatków. Gdy napotykał w tej sprawie trudności, odwoływał się do sejmików, co musiało prowadzić do obniżenia rangi szlacheckiego parlamentu. Stronnictwo egzekucyjne, przeżywające zresztą wyraźny schyłek, miało mu za złe brak zainteresowania kontynuacją dzieła reformy państwa. Dysydenci widzieli w Batorym protektora kontrreformacji; choć zdecydowanie przeciwdziałał pogromom wyznaniowym w miastach i przestrzegał postanowień konfederacji warszawskiej, to wszelkimi sposobami popierał działalność jezuitów.
Znaczna część odium opozycji spadała na osobę najbliższego współpracownika monarchy, Jana Zamoyskiego, który zrobił wówczas szybką i błyskotliwą karierę, zostając kanclerzem wielkim koronnym w wieku trzydziestu trzech lat, a hetmanem wielkim koronnym w cztery lala później. Zręczny polityk dbał o interesy Rzeczypospolitej, ale nie zapominał i o osobistych korzyściach. Dzięki łaskom królewskim oraz własnej zapobiegliwości posiadacz skromnej fortunki po ojcu dorobił się olbrzymiego latyfundium (blisko 6500 km2) o dochodzie około 200 000 złotych polskich rocznie. Obaj, król i jego kanclerz, narazili się mocno szlachcic straceniem warchoła i awanturnika, Samuela Zborowskiego (1584). Skazany na banicję za morderstwo, odważył się mimo to przebywać w kraju. Pojmali go i stracili ludzie Zamoyskiego; jego ścięcie (po pospiesznym przesłuchaniu i bez wyroku sądowego) uznano za jaskrawe pogwałcenie wolności szlachty. Żywiła ona obawy, iż egzekucja Zborowskiego stanowi tylko pierwszy z zaplanowanej serii wyroków. Być może rzeczywiście Batory i Zamoyski widzieli w niej próbę sił, która udzieli odpowiedzi na pytanie, jak daleko można się posunąć w walce z opozycją polityczną. Dała ona o sobie znać na sejmach u schyłku panowania Batorego, kiedy to poddawano ostrej krytyce zarówno zagraniczną, jak wewnętrzną politykę króla. Siły opozycji wzrosły z chwilą, gdy po śmierci Stefana przeszedł do niej sam Zamojski.