Jeszcze w okresie konsulatu armia francuska pokonała w 1800 r. Austrię, co zaowocowało zawarciem w następnym roku pokoju. Na jego mocy Habsburgowie zrzekli się Belgii i terenów położonych na lewym brzegu Renu oraz uznali zdobycze Francji w północnych Włoszech. Wobec takiego obrotu sprawy dotychczasowi sojusznicy Austrii, Rosja i Anglia, również zdecydowali się na zawarcie pokoju. Nie przetrwał on długo, bo już w 1805 roku doszło do nowej wojny Francji z koalicją Wielkiej Brytanii, Austrii i Rosji. Wojna zakończyła się szybkim pokonaniem wojsk austriackich i rosyjskich. Do decydującej zwycięskiej dla Napoleona bitwy doszło w grudniu pod Austerlitz na Morawach (czyt. austerlic).
Pokonana Austria Zmuszona była zawrzeć pokój i zrezygnować z Tyrolu Wenecji, Istrii i Dalmacji. W miejsce Rzeszy Niemieckiej Napoleon utworzył podporządkowany sobie Związek Reński. Franciszek II Habsburg zrzekł się tytułu cesarza rzymsko-niemieckiego, zachowując przyjęty dwa lata wcześniej tytuł cesarza Austrii. Koalicja antyfrancuska rozpadła się, ale nie oznaczało to końca konfliktów w Europie.
Jesienią 1806 roku doszło do kolejnej wojny, tym razem przeciwnikiem Francji była koalicja Prus i Rosji. Wojna z Prusami zakończyła się rozgromieniem wojsk pruskich w dwóch równocześnie stoczonych bitwach: pod Jeną i Auerstadt (czyt. auersztet). Wojska francuskie zajęły większość Prus, w Wielkopolsce wybuchło przed wkroczeniem Francuzów zwycięskie powstanie Polaków. Kolejne zwycięstwa Napoleona, tym razem nad wojskami rosyjskimi, zmusiły Rosję i Prusy do zawarcia w 1807 roku pokoju.
Na mocy traktatu pokojowego zawartego w Tylży Prusy utraciły tereny zagarnięty w II i III rozbiorze Rzeczypospolitej, z których utworzono Księstwo Warszawskie, a z ziem pruskich leżących na zachód od Łaby powstało Królestwo Westfalii. Oba te państwa były zależne od Francji.
Napoleon chciał zmusić państwa europejskie do przestrzegania blokady kontynentalnej, wymierzonej przeciwko Anglii, co miało pozbawić ją dostaw i ułatwić pokonanie przez wojska napoleońskie. Aby blokada była szczelna, wojska napoleońskie musiały zająć Królestwo Neapolu (1805), Portugalię (1807) i Hiszpanię (1808).
Próba uniezależnienia się od Francji podjęta w 1809 roku przez Austrię zakończyła się klęską wojsk Austriackich pod Wagram. Austria utraciła około 1/3 swoich ziem, stając się państwem zależnym od Francji. Przeciwnikiem Francji nadal pozostawała jednak Anglia. Wspierani przez nią Hiszpanie i Portugalczycy wywołali powstanie i kontynuowali opór. Napoleonowi nie udało się nigdy w pełni stłumić powstania i opanować sytuacji na Półwyspie Iberyjskim. Również Rosja, mimo że po poniesionych klęskach poparła blokadę kontynentalną, nie w pełni jej przestrzegała i przygotowywała się do wojny z Francją.